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生物信息学方法筛选华支睾吸虫成虫功能基因——钙调神经磷酸酶B亚基样蛋白

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【作者】 张红梅余新炳徐劲吴忠道

【Author】 ZHANG Hong-mei, YU Xin-bing, XU Jin,et al (Department of Parasitology, Basic Medical College,Sun Yat-sen University,Gua ngzhou 510080,China)

【机构】 中山大学医学院病原学教研室中山大学医学院病原学教研室 广州510080现工作单位:深圳市东湖医院深圳市肝病研究所广州510080广州510080

【摘要】 目的本文通过建立华支睾吸虫成虫cDNA文库,筛选其功能基因。方法应用SMART方法构建华支睾吸虫成虫cDNA文库,进行大量EST测序,然后应用生物信息学方法将EST序列与GenBank中登陆的序列进行同源性比对、序列拼接及基因完整性判断;并应用NCBI上的RPSBLAST对所筛选基因的保守域进行搜索比对,利用PredictProtein分析、预测其功能域及二级结构。结果从华支睾吸虫成虫cDNA文库中筛选的钙调神经磷酸酶B亚基样蛋白(CsCBLP)基因,经同源性分析,CsCBLP与褐家鼠钙调神经磷酸酶(CaN)同源性为53%,与尾刺耐格里原虫CaNB同源性为40%,与新小杆线虫属结合蛋白的同源性为51%;保守域的比对及功能域、二级结构的预测显示所筛选的CsCBLP是钙调神经磷酸酶B亚基的的类似物,属于钙结合蛋白家族。结论应用生物信息学方法从华支睾吸虫成虫cDNA文库中筛选出钙调神经磷酸酶B亚基样蛋白基因。

【基金】 广东省团队项目《人类基因组计划:模式生物(人体寄生虫)功能基因组研究》资助
  • 【DOI】10.13200/j.cjb.2005.04.32.zhanghm.009
  • 【分类号】R383
  • 【被引频次】5
  • 【下载频次】168
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