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双峰驼重链抗体组库的基本特征研究

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【作者】 张长江张伟李新洋卢汝学刘晓段小波谭文

【Author】 ZHANG Chang-jiang;ZHANG Wei;LI Xin-yang;LU Ru-xue;LIU Xiao;DUAN Xiao-bo;TAN Wen;Pre-incubator for Innovative Drug & Medicine,School of Bioscience & Bioengineering,South China University of Technology;BGI-Shenzhen;Zhangye City Bureau of Animal Husbandry and Veterinary;Guangdong Provincial Key Laboratory of Fermentation and Enzyme Engineering;

【机构】 华南理工大学生物科学与工程学院创新医药"前孵化器"华大基因研究院甘肃省张掖市畜牧兽医局华南理工大学生物科学与工程学院创新医药前孵化器华南理工大学广东省发酵与酶工程重点实验室

【摘要】 目的:利用二代高通量测序技术,了解双峰骆驼循环B细胞重链抗体(HCAbs)组库的组成和基本特征。方法:通过分离骆驼外周血单核细胞(PBMC),提取m RNA,利用多重PCR和Illumina Mi-seq高通量测序技术对三头双峰骆驼的重链抗体可变区进行深度测序,分析了重链抗体组库V、J基因组成、重排时末端基因删除数和V-J基因配对率,以及CDR3的长度、香农多样性指数(Shannon index)、氨基酸组成分布等基本特征。结果:鉴定出平均每头骆驼130000条有效数据和67561条独特CDR3序列,HCAbs含量较高的V基因为IGHV1S45、IGHV1S50和IGHV1S52,J基因为IGHJ4和IGHJ6,所对应的V-J基因配对含量大于40%;CDR3的长度主要分布在10-30个氨基酸之间,含量较高的氨基酸为丙氨酸、甘氨酸和半胱氨酸;CDR3区域70%以上的平均长度为20个氨基酸长度,其中V基因长度为3 bp,J基因长度分布在1-18 bp。结论:双峰骆驼B细胞重链抗体组库由巨大的、不均匀分布(以少数VJ基因克隆占大多数)的和具有高度多样性的多克隆抗体构成,较长CDR3和富含丙氨酸、甘氨酸和半胱氨酸是HCAbs的重要特征。

【关键词】 双峰骆驼重链抗体抗体组库
【基金】 中央高校基本科研业务费专项基金项目(2014ZM0053);广州市重大专项科技项目(201300000051);深圳华大基因研究院与华南理工大学"创新基金项目"(SW20130804)
【所属期刊栏目】 论著_基础研究 (2016年22期)
  • 【DOI】10.13241/j.cnki.pmb.2016.22.002
  • 【分类号】Q953
  • 【被引频次】1
  • 【下载频次】137
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