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SSR和SNP两种标记技术在玉米品种真实性鉴定中的比较分析

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【作者】 李雪田红丽王凤格赵久然李云伏王蕊扬扬易红梅

【Author】 Li Xue;Tian Hongli;Wang Fengge;Zhao Jiuran;Li Yunfu;Wang Rui;Yang Yang;Yi Hongmei;Beijing University of Agriculture;Maize Research Center,Beijing Academy of Agriculture and Forestry Sciences;

【机构】 北京农学院北京市农林科学院玉米研究中心

【摘要】 SSR和SNP被推荐为玉米品种DNA指纹鉴定优选标记技术。本研究选用大面积推广的11套玉米杂交种及其亲本作为试验材料,基于SNP芯片分型平台和SSR荧光毛细管电泳平台分析比较两种标记在玉米品种真实性鉴定中的应用。基于上述两种检测平台获得3 072个SNP位点和40对SSR引物的基因型数据,分析比较各个参数。结果显示:(1)两种标记数据获得率均较高,3 072个SNP位点平均数据获得率为98.4%,40对SSR引物平均数据获得率为99.47%。(2)两种标记均具备较高品种区分能力,3 072个SNP位点平均MAF(minor allele frequency)值为0.357,MAF值大于0.30占71%,平均DP(discrimination power)值为0.515,DP大于0.5的占56%;40对SSR引物平均PIC(polymorphism information content)值为0.605,PIC大于0.51有32对,平均DP值为0.745,DP值大于0.71有29对。(3)两种标记位点鉴定样品杂合率、亲子关系方面结果是一致的,样品杂合率均介于0.4~0.6之间,平均杂合率分别为0.525和0.514;SNP数据显示符合亲子关系位点百分比介于95.2%~99.9%之间,SSR数据显示符合亲子关系位点介于36~40个之间。综上所述,SSR和SNP两种标记在数据完整性、区分品种能力、位点稳定性等方面差别较小。

【关键词】 玉米SSRSNP真实性鉴定
【基金】 北京市农林科学院院青年基金项目(QNJJ201207);北京市优秀人才培养项目(2012D002020000004)共同资助
【所属期刊栏目】 技术主题 (2014年05期)
  • 【DOI】10.13271/j.mpb.012.001000
  • 【分类号】S513
  • 【被引频次】27
  • 【下载频次】857
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