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基于RNA-seq数据大规模挖掘蜜蜂球囊菌的SSR分子标记

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【作者】 李汶东熊翠玲王鸿权侯志贤童新宇张璐付中民郑燕珍陈大福郭睿

【Author】 LI Wendong;XIONG Cuiling;WANG Hongquan;HOU Zhixian;TONG Xinyu;ZHANG Lu;FU Zhongmin;ZHENG Yanzhen;CHEN Dafu;GUO Rui;College of Bee Science,Fujian Agriculture and Forestry University;

【机构】 福建农林大学蜂学学院

【摘要】 基于已获得的球囊菌转录组数据预测微卫星标记(SSR),并进行SSR位点的信息分析和SSR引物的挖掘.利用软件MISA对球囊菌转录组中42610条unigenes进行搜索,共预测出7968个SSRs,分布于5233条unigenes中,其中最主要的重复类型为三核苷酸重复(53.15%),其次为二核苷酸重复(32.32%)和四核苷酸重复(8.46%).二核苷酸重复中的基序主要是AG/CT(占总量的15.8%).针对所有的SSR位点,利用Primer Premier 5软件设计出6956对SSR特异性引物,随机选取20对引物对两个不同来源的球囊菌样品进行SSR位点扩增,共有6对引物成功扩增出符合预期的目的片段.研究结果表明,利用球囊菌转录组数据开发SSR引物是可行的.

【关键词】 蜜蜂球囊菌微卫星标记转录组RNA-seq
【基金】 现代农业产业技术体系建设专项资金(CARS-45-KXJ7);福建农林大学科技发展资金(KF2015123);国家自然科学基金(30800806)
【所属期刊栏目】 蜂学 (2017年04期)
  • 【DOI】10.13323/j.cnki.j.fafu(nat.sci.).2017.04.013
  • 【分类号】S895
  • 【下载频次】5
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