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毛竹硅转运基因PhLsi1的ORF克隆及生物信息学分析

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【作者】 马欢王凯吴妙丹赵宝华

【Author】 MA Huan;WANG Kai;WU Miaodan;ZHAO Baohua;College of Life Science,Hebei Normal University;Chinese National Center for Rice Improvement/State Key Laboratory of Rice Biology,China National Rice Research Institute;School of Forestry and Bio-technology,Zhejiang Forestry University;

【机构】 河北师范大学生命科学学院中国水稻研究所国家水稻改良中心/水稻生物学国家重点实验室浙江农林大学林木与生物技术学院

【摘要】 以水稻硅的内转运蛋白基因Lsi1的cDNA序列为信息探针,对毛竹的核酸数据库进行同源性搜索,获得全长为797bp的毛竹硅内转运蛋白基因的cDNA序列(Genbank登陆号:FP095571).与水稻Lsi1的cDNA序列相比,毛竹中该基因cDNA序列第721位处发生终止突变,导致毛竹Lsi1丢失了86个氨基酸残基.采用RTPCR方法对其进行克隆,序列分析表明,PhLsi1基因在编码时确实存在提前终止现象,共编码212个氨基酸,与水稻、玉米和大麦中已克隆的硅内转运蛋白(silicon influx transporter,含有6个跨膜螺旋区和2个NIP保守基序)的序列相似性分别高达99.3%,91.9%,91.9%,但只具有5个跨膜螺旋区和1个NIP保守基序.

【关键词】 毛竹内转运蛋白生物信息学
【基金】 2008年度中国水稻研究所自主研究课题(ZZKT200801)
【所属期刊栏目】 生物与药学 (2015年04期)
  • 【DOI】10.13763/j.cnki.jhebnu.nse.2015.04.012
  • 【分类号】Q943.2;Q811.4
  • 【被引频次】1
  • 【下载频次】100
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