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鲍曼不动杆菌噬菌体SWH-Ab-1分离鉴定及其重要功能基因的生物信息学分析

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【作者】 罗娟张然吴柳罗希张波

【Author】 LUO Juan;ZHANG Ran;WU Liu;LUO Xi;ZHANG Bo;Department of Hospital Infection Management,Southwest Hospital,Army Medical University;Nanchang University Queen Mary School;

【机构】 陆军军医大学西南医院感染管理科南昌大学医学院玛丽女王学院

【摘要】 目的分离鲍曼不动杆菌噬菌体,测定其基因组DNA序列,分析预测穿孔素和裂解酶等重要功能基因及其编码蛋白的性质和功能。方法利用双层琼脂平板法从医院污水中分离鲍曼不动杆菌噬菌体,透射电子显微镜观察噬菌体的形态特征;提取噬菌体基因组DNA,采用Illumina Hiseq2000测序仪进行全基因组测序;利用生物信息学方法对噬菌体基因组DNA序列进行功能编码基因定位、同源性分析以及对噬菌体重要功能基因编码蛋白的结构和生物功能等进行预测。结果成功从医院污水中分离获得1株鲍曼不动杆菌噬菌体,命名为噬菌体SWH-Ab-1。噬菌体SWH-Ab-1属长尾噬菌体,对鲍曼不动杆菌具有显著裂解性。噬菌体SWH-Ab-1基因组为全长41 567 bp的双链DNA,G+C%含量为39.42%,包含51个预测功能基因,穿孔素基因和裂解酶基因分别位于噬菌体基因组的ORF02(320~655 bp)和ORF03(642~1 199 bp)开放阅读框,穿孔素基因序列全长336 bp,共编码111个氨基酸,其编码的Hol SA1为疏水性Ⅰ型跨膜蛋白,相对分子质量为11.957 96×103,理论等电点为4.87,可能在脂肪酸代谢、转运载体及信号转导中发挥重要作用。裂解酶基因序列全长558 bp,共编码185个氨基酸,其编码的Lys SA1为亲水性蛋白,相对分子质量为21.010 4×103,理论等电点为9.56,无跨膜区,可能参与氨基酸生物合成、脂肪酸代谢、辅因子生物合成等重要生理过程。两种功能蛋白均不存在信号肽序列,二级结构主要以α-螺旋和无规则卷曲为主。结论噬菌体SWH-Ab-1是一种新分离的长尾裂解性噬菌体,其基因组的ORF02和ORF03开放阅读框是穿孔素和裂解酶的编码基因,编码的Hol SA1和Lys SA1可能组成"二元裂解系统",协同参与噬菌体对宿主菌的裂解过程。

【基金】 第三军医大学第一附属医院临床科研专项(SWH2014LC31);重庆市社会民生科技创新专项(cstc2015shmszx120110);中国工程物理研究院科学技术发展基金(物理与生物医学交叉方向)(WSS-2015-01)~~
【所属期刊栏目】 基础医学 (2018年01期)
  • 【DOI】10.16016/j.1000-5404.201708010
  • 【分类号】R446.5
  • 【下载频次】146
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