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HBV~+肝细胞癌患者lncRNA-mRNA共表达网络分析及作用

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【作者】 涂晓丽文荃闫军

【Author】 TU Xiaoli;WEN Quan;YAN Jun;Faculty of Pharmaceutical Sciences,Chongqing Cancer Institute & Hospital & Cancer Center;Cancer Center,Institute of Surgery Research,Daping Hospital,Third Military Medical University;Department of Hepatobiliary Surgery,Southwest Hospital,Third Military Medical University;

【机构】 重庆市肿瘤研究所/医院/癌症中心药学部第三军医大学大坪医院野战外科研究所癌症中心第三军医大学西南医院全军肝胆外科研究所

【摘要】 目的分析乙型肝炎病毒阳性(HBV+)肝细胞癌患者肝组织长链非编码RNA(long noncoding RNA,lncRNA)和信使RNA(messenger,mRNA)的共表达网络,探讨关键lncRNA的作用。方法下载GEO(GSE54238)lncRNA/mRNA表达谱芯片数据,通过生物信息数据分析方法获得不同临床进展阶段的肝细胞癌患者与正常人均具有显著差异的肝组织lncRNA、mRNA表达谱,并构建被DNA元素百科全书数据库(Encyclopedia of DNA Elements,ENCODE)收录的差异lncRNA-mRNA共表达网络。继而分析共表达网络中的mRNA参与的GO、KEGG;并分析与核心lncRNA高度相关的mRNA与患者生存曲线的相关性。结果与5个ENCODE收录的差异lncRNA具有共表达关系的mRNA共有81个(相关系数≥0.90)。lncRNA-mRNA共表达网络中的mRNA主要参与的GO通路有氧化还原、呼吸电子链传递和脂肪酸代谢过程;KEGG信号通路主要有脂肪酸降解、过氧化物酶体增殖物激活受体和β-丙氨酸代谢。与核心LINC01018(又名SRHC)、EHHADH-AS1和F11-AS1高度相关的mRNA SLC2A2、PCK2、EHHADH、F11、FM04和NR1I3与患者生存曲线具有极显著相关性(P<0.01)。结论 LINC01018、EHHADH-AS1、F11-AS1等lncRNA居于LncRNA-mRNA共表达网络的核心位置,在HBV+肝细胞癌发生、发展中具有关键作用,有望成为HBV+肝细胞癌新的诊断和预后指标。

【基金】 国家自然科学基金面上项目(81372272)~~
【所属期刊栏目】 基础医学 (2018年01期)
  • 【DOI】10.16016/j.1000-5404.201708015
  • 【分类号】R735.7
  • 【下载频次】279
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