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小麦GASA基因家族生物信息学分析

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【作者】 吕亮杰陈希勇张业伦刘茜王莉梅马乐李辉

【Author】 Lü Liangjie;Chen Xiyong;Zhang Yelun;Liu Qian;Wang Limei;Ma Le;Li Hui;Hebei Academy of Agriculture and Forestry Sciences, Institute of Cereal and Oil Crops/Crop Genetics and Breeding Laboratory of Hebei;

【通讯作者】 李辉;

【机构】 河北省农林科学院粮油作物研究所/河北省作物遗传育种实验室

【摘要】 赤霉素调节的GASA(Gibberellic Acid-Stimulated in Arabidopsis)基因家族是植物特有的转录因子家族,在调控植物生长发育过程中起重要作用。关于小麦GASA基因家族全基因组分析的研究尚未见报道。为进一步探讨小麦GASA基因的功能,通过对小麦最新基因组数据进行分析,获得了35个TaGASA基因,命名为TaGASAs,根据染色体编号排列为TaGASA1~TaGASA35。结合公布的小麦品种Chinese Spring的基因组数据,采用生物信息学方法对其基因结构、染色体分布、蛋白结构、系统进化及表达谱进行了分析。结果表明,35个小麦TaGASA基因分布于除3A、4A、3B、3D染色体外的其余17条染色体上,基因编码长度为78~264个氨基酸的蛋白质,基因外显子数量从2个到7个不等;串联重复片段分析结果表明,片段复制和串联重复是小麦TaGASA家族基因扩张的主要模式;小麦TaGASA蛋白进化树和7种作物GASA基因的系统进化树表明,GASA基因分为4个类别,同一类之间的结构较为相似;小麦35个TaGASA基因家族成员含有10个motif,推测小麦TaGASA基因家族应都含有motif1、motif2和motif3。在13个组织器官中都检测到了35个TaGASA基因的转录本,不同组织器官中TaGASA基因的表达存在明显差异。

【关键词】 小麦GASA生物信息学进化树表达谱
【基金】 河北省现代农业科技创新工程项目(F18R01;494-0402-YBN-RDC4);河北省农林科学院财政专项(F17R0013;2018060303);河北省农林科学院粮油作物研究所开放课题(LYS2016004)
【所属期刊栏目】 遗传育种·种质资源·生物技术 (2018年06期)
  • 【DOI】10.16035/j.issn.1001-7283.2018.06.010
  • 【分类号】S512.1
  • 【下载频次】184
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