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三代测序与靶向捕获技术联用进行高分辨HLA基因分型及MHC区域单倍体型精细鉴定

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【作者】 陈佳舒明月里进付爱思杨帆王邹李一荣邓子新刘天罡

【Author】 Jia Chen;Mingyue Shu;Jin Li;Aisi Fu;Fan Yang;Zou Wang;Yirong Li;Zixin Deng;Tiangang Liu;Key Laboratory of Combinatorial Biosynthesis and Drug Discovery, Ministry of Education, School of Pharmaceutical Sciences,Wuhan University;Deparement of Laboratory,Zhongnan Hospital of Wuhan University;Public Technology Service Platform, Wuhan Institute of Biotechnology;

【通讯作者】 李一荣;邓子新;刘天罡;

【机构】 武汉大学药学院组合生物合成与新药发现教育部重点实验室武汉大学中南医院检验医学中心武汉生物技术研究院公共技术服务平台

【摘要】 人类白细胞抗原(human leukocyte antigen,HLA)的高分辨率、精准分型对于组织配型以及HLA相关疾病研究具有重要意义。本研究以12位原发性肝细胞癌病人的外周血为供试样本,分析二、三代测序数据用于高分辨率HLA分型的优劣势,同时结合探针捕获与三代测序技术对YH、HeLa标准细胞系以及一个原发性肝细胞癌病人的主要组织相容性复合体(major histocompatibility complex,MHC)区域进行靶向分析,探究长读长测序技术对于整个MHC区域精细分析的潜力。研究表明:(1)二、三代测序技术均能实现6~8位高分辨HLA分型,且两者分型结果一致。但是三代数据的覆盖均一度显著优于二代,不会出现明显的"断层"现象;(2)超长的三代数据可直接跨越整个扩增子,对于基因单倍体型的判定(phasing)具有明显优势。样本中92.79%的HLA基因能够得到准确的单倍体分型结果,远高于二代的75.65%;(3)长读长的三代测序数据不但能实现对MHC区域的更好组装,还具有对整个MHC共计3.6 Mb区域进行phasing的能力,而这将有助于明确各个突变位点、等位基因、非编码区等基因原件在每个MHC单倍体型上的定位与相互连锁信息,为免疫等相关疾病的研究提供理论依据。

【基金】 “万人计划”青年拔尖人才项目资助~~
【所属期刊栏目】 技术与方法 (2019年04期)
  • 【DOI】10.16288/j.yczz.18-282
  • 【分类号】R735.7
  • 【下载频次】50
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