网络首发时间:2018-04-12 11:08:08

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胡枝子叶片转录组特征分析及其EST-SSR标记的开发(英文)

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【作者】 李林霖高信芬李诗琦陈金元郭丽娜何海徐波

【机构】 重庆师范大学生命科学学院中国科学院成都生物研究所兰州大学生命科学学院六盘水师范大学生命科学与技术学院

【摘要】 胡枝子(Lespedeza bicolor)系豆科胡枝子属植物,性耐旱,是防风固沙及水土保持的优良植物。目前,该物种的转录组数据及其有效的EST-SSR标记尚未见报道。本研究首次报道了胡枝子的转录组序列,对其进行了注释,并开发了一系列EST-SSR标记用于进化研究。主要研究结果如下:(1)采用二代测序技术对胡枝子叶片进行了转录组测序,得到了120,913 unigenes,其平均长度为608 bp,N50的长度是978 bp。(2)分别在KEGG和KOG等数据库中对unigenes进行了注释,总共注释了72,613(60.05%)unigenes的功能。(3)筛选识别了13,551个潜在的EST-SSR标记;根据重复单位的核苷酸数目以及重复次数的多少,从中选择了173个EST-SSR标记进行了引物设计。(4)对胡枝子和其他九种近缘种植物进行了PCR扩增实验,最后得到56对引物可全部成功扩增出条带并表现出一定的多态性。本研究获得了较高质量的胡枝子转录组数据库,可进一步用于比较和功能基因组研究,以及胡枝子及其近缘类群的基因表达研究。开发的EST-SSR标记将提供一个强大的工具,可用于研究遗传多样性和种群结构,构建DNA指纹图谱数据库,生成遗传图谱,预测分子标记辅助育种和保存遗传信息。(图4表3参54)

【关键词】 胡枝子转录组功能注释EST-SSR标记
【基金】 Supported by the National Natural Science Foundation of China(31200169,31570196)
  • 【DOI】10.19675/j.cnki.1006-687x.2018.01034
  • 【分类号】Q943.2
  • 【下载频次】22

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