网络首发时间:2019-03-14 16:00:14

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基于转录组的‘黄花2号’水仙ARF基因家族分析

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【作者】 李全超刘洋肖瑶宇李琳杨征帆陈晓静

【机构】 福建农林大学园艺学院

【摘要】 生长素反应因子(Auxin Response Factors,ARFs)在植物生长发育过程中调节生长素响应基因表达发挥着重要的作用,为了解多花水仙ARF家族,基于转录组数据,通过NR、NT、Swiss-Prot和PFAM 4个数据库、NCBI网站和在线软件SMART的注释筛选,利用ExPASy-ProtParam tool、SOPMA、Prot Comp、MEME、MAGA和Heml软件进行氨基酸理化性质、蛋白二级结构、亚细胞定位、保守基序、系统进化树和小鳞茎萌发不同时期的表达模式分析。共筛选得到21个ARF家族基因,生物信息学分析12个全长基因蛋白长度在193-1096aa之间,预测的分子量为20.46-122.2kD,等电点为5.19-7.97,全部为不稳定的亲水蛋白,亚细胞定位预测均位于细胞核中。进化树和基序分析表明,21个NtARF蛋白分为3个大组,Glass Ⅲ进一步被分为3个亚组,分支相近的ARF转录因子具有相同或相近的基序。NtARF8、NtARF13、NtARF15、NtARF17和NtARF21都展现较高的表达模式,可能是通过正向调节生长素的含量来促进小鳞茎的萌发。本研究表明NtARF家族可能在多花水仙扦插繁殖过程中发挥着重要作用,结果可为将来深入研究多花水仙ARF基因家族的功能奠定基础。

【基金】 福建农林大学科技创新专项基金项目(KFA17370A)资助
  • 【DOI】10.19675/j.cnki.1006-687x.2018.11020
  • 【分类号】S682.21
  • 【下载频次】14

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