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紫花苜蓿肽基脯氨酰顺反异构酶基因全长cDNA的电子克隆及同源建模

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【作者】 王海波

【Author】 WANG Hai-bo (College of Biological Resource and Environmental Science,Qujing Normal University,Qujing,Yunnan 655011)

【机构】 曲靖师范学院生物资源与环境科学学院

【摘要】 [目的]研究对紫花苜蓿肽基脯氨酰顺反异构酶基因全长cDNA进行电子克隆及同源建模的方法。[方法]根据物种间同源基因相对保守的特点,利用NCBI数据库,对公共EST数据库进行同源检索筛选和重叠群装配,获得拼接cDNA序列,经过ORFFinder分析后获得相应蛋白质的全长序列,并利用Swiss-Mode服务器预测各原子坐标,进而利用Swiss-PdbViewer生成三维空间模型。[结果]采用该方法成功获得紫花苜蓿肽基脯氨酰顺反异构酶基因的完整cDNA序列,全长为1880bp,mPPI蛋白质编码68AA,分子量约为7829.9Da,理论等电点pI=8.99,原子组成为C338H547N103O103S4,摩尔消光系数280nm处为4595,不稳定系数为42.16,脂肪系数为83.24,总平均亲水性为-0.456。[结论]根据物种间同源基因序列对跨物种间EST数据库进行同源检索筛选和拼接,是基因克隆的一条有效途径。

【基金】 曲靖师范学院校内青年科研基金项目(2008QN031)
【所属期刊栏目】 农业生物技术 (2010年08期)
  • 【DOI】10.13989/j.cnki.0517-6611.2010.08.020
  • 【分类号】Q78
  • 【被引频次】4
  • 【下载频次】294
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