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苹果锈果类病毒RNA序列的生物信息学分析

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【作者】 陈建刚王海波

【Author】 CHEN Jian-gang et al (School of Biological Resources and Environmental Science,Qujing Teachers College,Qujing,Yunnan 655011)

【机构】 曲靖师范学院生物资源与环境科学学院

【摘要】 [目的]为苹果锈果类病毒结构域功能的关系、复制机制、变异与进化的研究提供理论依据。[方法]应用生物信息学的方法,得到一系列苹果锈果类病毒的RNA序列,对比其核苷酸数目、碱基组成比例,并进行了多重系列对比及二级结构预测。[结果]来自不同地区的苹果锈果类病毒RNA和核苷酸数目分布在329~336bp。其中核苷酸数为330bp的种类占64.71%,其A的分布范围19.39%~20.61%,T的分布范围在18.79%~20.91%,G的分布范围在29.70%~30.61%,C的分布范围在30.00%~30.91%。用RNAstructure软件进行苹果锈果类病毒的二级结构预测,随着稳定能量级的逐渐增加,其碱基配对区逐渐减小,而茎环区却逐渐增加。[结论]RNA是生物生命活动不可或缺的重要生物大分子,其二级结构比一级结构具有更大的保守性。

【基金】 曲靖师范学院科学研究基金项目(2008MS016)
【所属期刊栏目】 农业灾害防御 (2010年08期)
  • 【DOI】10.13989/j.cnki.0517-6611.2010.08.096
  • 【分类号】S436.611.15
  • 【被引频次】3
  • 【下载频次】177
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