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隐藏嗜酸菌Acidiphilium cryptum JF-5分泌蛋白质组的分析

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【作者】 焦春香张奉波夏金兰张成桂

【Author】 JIAO Chun-xiang et al(Dali College,Dali,Yunnan 671000)

【机构】 大理学院中南大学资源加工与生物工程学院

【摘要】 [目的]对隐藏嗜酸菌(Acidiphilium cryptumJF-5)全基因组的3063个氨基酸序列进行预测,分析其分泌蛋白质组的构成。[方法]利用信号肽预测软件SignalPv3.0、跨膜螺旋结构预测软件TMHMMv2.0、RR-motif信号肽预测软件TatPv1.0、脂蛋白质信号肽预测软件LipoPv1.0、非经典分泌蛋白质预测软件SecretomeP和亚细胞定位软件Psortbv2.0.4对Acidiphilium cryptumJF-5全基因组的3063个氨基酸序列进行预测分析。[结果]在隐藏嗜酸菌Acidiphilium cryptumJF-5中有444个蛋白质为分泌蛋白质,其中分泌型信号肽148个,RR-motif亚组型信号肽27个,脂蛋白质信号肽22个,无Prepiplin-like信号肽,非经典分泌蛋白质247个;另外,对分泌型信号肽的长度分布、氨基酸使用频率和酶切位点的氨基酸使用频率作出了统计分析。[结论]研究结果为进一步研究嗜酸菌Acidiphilium cryptumJF-5的基因功能提供了丰富的信息基础。

【基金】 国家自然科学基金项目(50974140)
【所属期刊栏目】 生物技术 (2011年28期)
  • 【DOI】10.13989/j.cnki.0517-6611.2011.28.005
  • 【分类号】Q936
  • 【被引频次】2
  • 【下载频次】111
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