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DNA序列映射方法对蛋白质编码区预测准确率的影响

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【作者】 马玉韬张成杨泽林李琦杨婷

【Author】 MA Yu-tao et al(School of Electronic Information Engineering,Tianjin University,Tianjin 300072)

【机构】 宁夏大学物理电气信息学院天津大学电子信息工程学院

【摘要】 [目的]探讨当前主要的DNA序列映射方法对蛋白质编码区的预测准确率的影响,寻找有效的映射方法。[方法]以AC(Approxi-mate Correlation)为碱基层的预测准确率的测度,采用FIR(Finite Impulse Response)窄通带滤波器预测算法研究各种映射方法对预测准确率的影响。[结果]在ALLSEQ和HMR195 2个DNA序列集上,Voss法和Z-curve方法是较PN(Paired Numeric)法、EIIP(Electron-IoInteraction Potential)法和复数法更为有效的映射方法。[结论]该研究结果为用预测结果的AC值来验证新映射方法的有效性奠定了基础,对利用生物信息学方法正确揭示DNA序列的结构具有重要意义。

【基金】 宁夏自然科学基金(NZ1024);宁夏高校科学研究项目(201027)资助
【所属期刊栏目】 生物技术 (2012年06期)
  • 【DOI】10.13989/j.cnki.0517-6611.2012.06.003
  • 【分类号】Q75
  • 【被引频次】11
  • 【下载频次】988
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