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动物双歧杆菌AD011细胞壁蛋白的预测和功能分析

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【作者】 朱德全王茗悦姚嘉张跃华韩诚武卢伟栾积毅刘向东

【Author】 ZHU De-quan;WANG Ming-yue;YAO Jia;LIU Xiang-dong;College of Science,Jiamusi University;College of Life Science,Jiamusi University;College of Mechanical Engineering,Jiamusi University;

【机构】 佳木斯大学理学院佳木斯大学生命科学学院佳木斯大学机械工程学院

【摘要】 [目的]运用生物信息学方法预测动物双歧杆菌AD011锚定于细胞壁的蛋白并进行功能分析,为后续研究该菌与宿主相互作用的分子机制提供基础资料。[方法]用Phobius和SignalP 4.0软件对动物双歧杆菌AD011全基因组编码蛋白中细胞壁蛋白进行预测,同时采用COG(Cluster of Orthologous Groups of proteins)功能数据库对预测的细胞壁蛋白进行功能注释和聚类分析。[结果]动物双歧杆菌AD011基因组1 518个编码蛋白中,11个蛋白含有细胞壁的锚定基序,6个蛋白含有LP×TG基序,1个蛋白含有Lys M基序,1个蛋白含有PG结合区域,2个蛋白含有SLH结构域,1个蛋白含有NLPC_P60结构域。细胞壁蛋白功能分析结果显示,11个细胞壁蛋白中,9个蛋白没有功能注释,2个蛋白(NLP/P60 protein和1,4-beta-N-acetylmuramidase)参与细胞壁和细胞膜的生物合成。[结论]动物双歧杆菌AD011大多数细胞壁蛋白功能未知,还需在以后的研究中进行进一步的功能注释。

【关键词】 两歧双歧杆菌基因组细胞壁蛋白功能
【基金】 黑龙江省卫生计生委科研项目(2016-325);佳木斯大学科技创新团队项目(cxtd-2016-02)
【所属期刊栏目】 生物技术 (2017年08期)
  • 【DOI】10.13989/j.cnki.0517-6611.2017.08.053
  • 【分类号】Q936
  • 【下载频次】48
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