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生物土壤结皮土生对齿藓转录组SSR位点分析

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【作者】 陈莉赵浩然黄琳淞玉苏甫江

【Author】 CHEN Li;ZHAO Hao-ran;HUANG Lin-song;College of Life Science and Engineering,Northwest University for Nationalities;

【机构】 西北民族大学生命科学与工程学院

【摘要】 [目的]分析生物土壤结皮土生对齿藓转录组SSR位点。[方法]以生物土壤结皮土生对齿藓为材料,分析土生对齿藓转录组数据,开发土生对齿藓SSR分子标记技术。[结果]通过MISA软件对土生对齿藓高通量测序获得的73 084条unigenes进行SSR筛选。从搜索序列中发现4 103个符合条件的SSRs,分布在3 420条unigenes上,出现频率为5.62%。三核苷酸和二核苷酸为主要重复类型,分别占SSR总数的47.9%和26.1%,AGC/CTG(31.9%)和AG/CT(75.5%)分别是其主要重复基元。69.0%的基序长度为12~20 bp。[结论]土生对齿藓转录组SSR位点出现频率高、类型丰富、多态性潜能大,为土生对齿藓分子生物学机制研究等方面提供理论依据。

【关键词】 土生对齿藓转录组SSR
【基金】 国家自然科学基金项目(31560120);西北民族大学中央高校基本科研业务费项目(Y17015)
【所属期刊栏目】 动物科学·生物技术 (2018年11期)
  • 【DOI】10.13989/j.cnki.0517-6611.2018.11.026
  • 【分类号】Q943.2
  • 【下载频次】72
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