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基于家蚕中肠RNA-seq数据的新基因发掘及初步分析

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【作者】 周凯月唐健李玉霞郝长富徐安英

【Author】 ZHOU Kai-yue;TANG Jian;LI Yu-xia;School of Bio-technology,Jiangsu University of Science and Technology;Institute of Sericulture,Chinese Academy of Agricultural Sciences;

【通讯作者】 徐安英;

【机构】 江苏科技大学生物技术学院中国农业科学院蚕业研究所

【摘要】 对前期获得的家蚕中肠组织转录组数据进行进一步生物信息学分析,利用Cufflinks软件对Mapped Reads进行组装,并与参考基因组注释信息进行比对,共发掘新基因788个。利用Blast软件将发掘的新基因与NR,Swiss-Prot数据库比对,其中746个新基因得到功能注释。这些新发掘基因在家蚕28个连锁群上都有分布,其中在第15连锁群上最多。有198个新基因注释到KEGG数据库中,分布于85条已知的通路中,将新基因与COG数据进行比对,并进行功能注释与分类,总共有258个新基因得到了注释,被分为22个COG类别,部分新基因的克隆分析,与预期结果一致,这些发现为以后进一步研究新基因的功能提供了基础信息。

【关键词】 转录组测序新基因序列比对功能分析
【基金】 现代农业产业技术体系建设专项(CARS-18);镇江市现代农业重点研发计划项目(NY2017017)
【所属期刊栏目】 动物科学·生物技术 (2018年24期)
  • 【DOI】10.13989/j.cnki.0517-6611.2018.24.021
  • 【分类号】S881.26
  • 【被引频次】1
  • 【下载频次】104
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