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树鼩肠道菌群多样性与功能预测研究

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【作者】 杨学芳李波郑红曹雪王利梅

【Author】 YANG Xue-fang;LI Bo;ZHENG Hong;Research Center of Kunming Medical University;Graduate School of Kunming Medical University;Department of Laboratory Animal Science,Kunming Medical University;

【通讯作者】 王利梅;

【机构】 昆明医科大学科研实验中心昆明医科大学研究生院昆明医科大学实验动物学部

【摘要】 [目的]鉴定树鼩的肠道菌群,分析树鼩肠道菌群多样性和丰度,并进行菌群功能预测。[方法]随机采集3份雄性树鼩粪便样品,提取树鼩粪便中细菌基因组DNA,通过PCR扩增获得16S rRNA V3~V4片段,采用高通量Illumina PE300平台进行测序,利用BIPES以及QIIME分析并比较菌群结构及多样性。最后,通过PICRUS t软件对肠道菌群的功能进行预测。[结果]树鼩肠道粪便细菌有9门20纲33目53属122种208个OTU。门水平上,优势菌群为厚壁菌门(Firmicutes)和变形菌门(Proteobacteria);属水平上,埃希氏杆菌属(Escherichia)、乳酸菌属(Lactobacillus)和肠球菌属(Enterocossus)为优势菌群。PICRUS t功能预测结果表明,肠道细菌编码的大多数基因与代谢相关,其次是基因信息加工、环境信息加工。COG功能分类分析表明肠道微生物基因在"氨基酸的运输和代谢"和"碳水化合物运输与代谢"功能类群的相对丰度较高。[结论]PICRUS t功能预测到树鼩肠道菌群主要与代谢相关,树鼩肠道菌群是研究肠道菌群与代谢类疾病的一种良好试验材料。

【关键词】 树鼩肠道菌群16S rRNA菌株功能
【基金】 云南省教育厅科学研究基金项目(2018JS89)
【所属期刊栏目】 动物科学·生物技术 (2019年08期)
  • 【分类号】Q95-33
  • 【被引频次】2
  • 【下载频次】199
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