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乳腺癌脑转移相关基因的生物信息学分析

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【作者】 冯刚李良平崔蕾樊友本汪金凤刘志苏

【Author】 Feng Gang;Li Liangping;Cui Lei;Fan Youben;Wang Jinfeng;Liu Zhisu;Department of Thyroid Breast Surgery,Yichang Central People’s Hospital,The First College of Clincial Medcial Science,China Three Gorges University;Department of General Surgery,6th Affiliated Hospital of Shanghai Jiaotong University;Department of General Surgery,Zhongnan Hospital of Wuhan University;

【通讯作者】 刘志苏;

【机构】 三峡大学第一临床医学院(宜昌市中心人民医院)甲乳外科上海交通大学附属第六人民医院普通外科武汉大学中南医院普通外科

【摘要】 目的:通过生物信息学挖掘乳腺癌脑转移中关键基因,为乳腺癌脑转移的预防和治疗提供理论依据。方法:从GEO数据库下载乳腺癌脑转移相关数据集(GSE52604、GSE26338、GSE43837、GSE100534)基因表达谱。GEO2R分析乳腺癌原发肿瘤与脑转移瘤差异表达基因,韦恩图筛选4个数据集中共表达差异基因(DEGs),UALCAN和乳腺癌基因表达Miner分析差异基因与肿瘤分期、肿瘤病理分级的相关性,Kaplan-Meier与cBioPortal分析差异基因对预后的预测价值,TIMER分析差异基因与肿瘤免疫细胞浸润的相关性。结果:血小板源性生长因子受体α(PDGFRA)、皮连蛋白(DPT)和软骨间层蛋白(CILP)为共表达下调差异基因,PDGFRA和CILP与肿瘤分期显著相关(均P<0.05),DPT和CILP与肿瘤病理分级明显相关(均P<0.001)。预后分析中,DPT和CILP下调与乳腺癌脑转移的总生存率(OS)显著相关(均P<0.05),PDGFRA、DPT和CILP共突变与乳腺癌脑转移的OS显著相关(均P<0.05),PDGFRA、DPT和CILP与肿瘤中CD4~+T细胞、CD8~+T细胞、巨噬细胞、中性粒细胞和树突状细胞的浸润明显相关(均P<0.01)。结论:PDGFRA、DPT和CILP差异基因与免疫细胞浸润相关可能是乳腺癌脑转移的分子机制,可以作为乳腺癌脑转移的预测和预后指标。

【基金】 国家自然科学基金青年项目(No:81603345)
【所属期刊栏目】 论著 (2019年02期)
  • 【分类号】R737.9
  • 【下载频次】27
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