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生物信息学在三阴性乳腺癌miRNA生物标志物筛选中的应用

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【作者】 谭琦任立群张祎冰王亚帝谷泽慧黄鹏陈素贤

【Author】 TAN Qi;REN Liqun;ZHANG Yibing;WANG Yadi;GU Zehui;HUANG Peng;CHEN Suxian;Department of Pathology and Pathophysiology,School of Basic Medical Sciences,Jinzhou Medical University;Department of Pathology,Affiliated Third Hospital,Jinzhou Medical University;Department of Experimental Pharmacology and Toxicology,School of Pharmacy,Jilin University;

【通讯作者】 陈素贤;

【机构】 锦州医科大学基础医学院病理学与病理生理学教研室锦州医科大学附属第三医院病理科吉林大学药学院实验药理与毒理学教研室

【摘要】 目的:通过医学癌症数据库(TCGA)和基因表达数据库(GEO)分析三阴性乳腺癌(TNBC)中差异表达微小RNA (miRNAs)并预测其靶基因,探讨其生物学功能和分子机制,寻找TNBC预后相关靶点。方法:下载TCGA数据库中343项关于乳腺癌组织与癌旁组织相关的miRNAs表达数据,筛选乳腺癌与癌旁组织中差异表达的miRNAs;GEO数据库验证miRNAs在TNBC细胞系的26种细胞株中的表达以及TNBC患者经过化疗前后血清中miRNAs的变化;通过基因本体(GO)功能注释及京都基因和基因组百科全书(KEGG)信号通路富集、蛋白质互作网络分析候选miRNAs的靶基因功能。结果:TCGA数据库,在乳腺癌组织中的miR-21-5p表达水平明显高于相邻癌旁组织(logFC=5.557,P<0.01);GEO数据库筛选,miR-21-5p在TNBC细胞系中表达水平明显升高,在26种TNBC细胞株中超过20种细胞株相对表达水平>70 000,TNBC患者经联合化疗后miR-21-5p的表达水平明显降低(logFC=-5.07,P<0.01);GO分析,miR-21-5p主要在DNA复制、转录以及血管重构等方面发挥调控作用;KEGG富集分析,miR-21-5p主要通过促分裂原活化蛋白激酶(MAPK)和转化生长因子β(TGF-β)等通路影响TNBC的发生发展。结论:miR-21-5p在TNBC组织中表达上调,在TNBC进展中发挥正调控作用,可能成为鉴定TNBC相关预后程度的关键生物学标志物。DUSP8等可能作为miR-21-5p的靶基因参与调控TNBC的发生发展。

【基金】 辽宁省科技厅自然科学基金资助课题(2013022007)
【所属期刊栏目】 临床研究 (2019年05期)
  • 【DOI】10.13481/j.1671-587x.20190522
  • 【分类号】R737.9;R730.43
  • 【下载频次】196
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