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核桃EST-SSR信息分析与标记的初步建立

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【作者】 朱艳郝艳宾王克建吴春林王维霞齐建勋周军

【Author】 ZHU Yan1,HAO Yan-bin2,WANG Ke-jian2,WU Chun-lin2,WANG Wei-xia2,QI Jian-xun2,ZHOU Jun1(1School of Resources Management,Southwest Forestry College,Kunming 650224 China;2Institute of Forestry and Pomology,Beijing Academy of Agriculture and Forestry Science,Beijing 100093 China)

【机构】 西南林学院资源学院北京农林科学院林业果树研究所

【摘要】 利用生物信息学方法,从dbEST数据库用SSRHunter软件对4 500条核桃EST序列进行搜索,发现462个SSR分布于399条EST序列中,EST-SSR出现频率10.27%,平均每5.65 kb EST出现一个SSR。核桃二核苷酸重复基元占主导地位,其次为三核苷酸重复基元,分别占总SSR的49.57%和27.27%。核桃二核苷酸EST-SSR的优势类型为AG,其次为AT,分别占二核苷酸SSR的67.25%和28.38%。核桃三核苷酸EST-SSR的优势重复基元为AAG,其次为ACC、AAT、AGG,分别占三核苷酸SSR的25.40%、21.43%、16.67%和11.11%。用Primer Primer 5.0软件设计了11对引物,对核桃属5个样品进行PCR扩增,10对引物有扩增产物,引物有效扩增率90.9%,其中7对引物有多态性,多态性引物占可扩增引物的70%。表明,利用核桃EST序列开发EST-SSR标记是可行的。

【关键词】 核桃ESTSSR信息
【基金】 北京市科技新星项目(2004B21);西南林学院面上科研基金(编号:110611)
【所属期刊栏目】 研究报告 (2009年03期)
  • 【分类号】S664.1
  • 【被引频次】31
  • 【下载频次】353
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