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猕猴桃EST-SSR引物筛选及通用性分析

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【作者】 廖娇黄春辉辜青青曲雪艳徐小彪

【Author】 LIAO Jiao,HUANG Chun-hui,GU Qing-qing,QU Xue-yan,XU Xiao-biao(College of Agronomy,Jiangxi Agricultural University,Nanchang,Jiangxi 330045 China)

【机构】 江西农业大学农学院

【摘要】 应用SSRHunter软件对NCBI公共数据库中的猕猴桃EST序列进行筛查,利用Primer 5.0软件设计引物并进行筛选,同时对其在部分柑橘类植物的通用性进行分析。以漓江猕猴桃DNA为模板,对所设计的97对EST-SSR引物进行筛选,结果表明其中77对引物能扩增出清晰条带,有效扩增率为79.38%。随机选取20对引物对10份猕猴桃资源进行检测,结果发现有17对引物对所有材料都有扩增产物并呈现出多态性,多态性扩增率为85%。随机应用20对有效EST-SSR引物对兴津、金柑、枳壳、椪柑、酸柚、甜橙、胡柚、尾张、宫川等柑橘类植物基因组DNA进行扩增,结果表明,其中有11对引物在供试材料中有扩增产物,占引物总数的55%;有8对引物的扩增产物具有多态性,扩增率为72.7%。据此,基于猕猴桃EST序列而筛选的SSR引物在柑橘类植物中具有一定的通用性。

【关键词】 猕猴桃EST-SSR引物筛选柑橘通用性
【基金】 国家自然科学基金(No.30660113,30860167)
【所属期刊栏目】 技术与方法 (2011年06期)
  • 【DOI】10.13925/j.cnki.gsxb.2011.06.039
  • 【分类号】S663.4
  • 【被引频次】15
  • 【下载频次】438
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