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柑橘TCP家族生物信息学及表达谱分析

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【作者】 周延培张雅剑伊华林

【Author】 ZHOU Yanpei;ZHANG Yajian;YI Hualin;College of Horticulture and Forestry Science,Huazhong Agricultural University·The Education Ministry Key Laboratory of Horticultural Plant Biology;

【机构】 华中农业大学园艺林学学院·园艺植物生物学教育部重点实验室

【摘要】 【目的】分析柑橘TCP蛋白家族成员的序列特征和系统进化关系,探究TCP家族成员在柑橘果实发育中的功能。【方法】通过生物信息学方法分析柑橘基因组中TCP家族成员的结构、染色体位置和系统进化关系。以‘兴锦101’(WT)及其晚熟芽变(MT)为试材,利用TA方法克隆柑橘TCP家族2个成员Cs TCP1和Cs TCP3,通过q RT-PCR测定TCP家族成员在‘兴锦101’及其晚熟芽变果实不同发育时期的相对表达量。【结果】克隆的2个基因Cs TCP1和Cs TCP3与原序列比对结果相似性达到100%;柑橘全基因组共编码20个TCP转录因子成员,分布在7条染色体上,都含有非典型的BHLH结构域,系统进化关系结果将Cs TCPs分为2个亚家族:Class I和Class II;多数基因结构简单,没有内含子;同时,定量结果表明Cs TCP基因在不同组织中的相对表达量存在差异,且被聚为2类;此外,在‘兴锦101’及其晚熟芽变果实不同发育时期中同样差异表达,多数基因相对表达量在花后215 d达到峰值,且在该时期2者间差异较显著。【结论】获得20个柑橘TCP家族成员基因,表达量分析显示TCP家族成员基因可能在柑橘的生长发育过程中起到重要的作用,为今后柑橘育种工作奠定了一定的理论基础。

【关键词】 柑橘TCP转录因子生物信息学q RT-PCR
【基金】 国家现代农业(柑橘)产业技术体系专项(CARS-27);国家科技支撑计划(2013BAD02132)
【所属期刊栏目】 种质资源·遗传育种·分子生物学 (2016年05期)
  • 【DOI】10.13925/j.cnki.gsxb.20150192
  • 【分类号】S666.2
  • 【被引频次】3
  • 【下载频次】354
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