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龙眼miR172家族成员进化特性及其时空表达分析

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【作者】 张舒婷朱晨王培育陈旭陈晓慧白玉张梓浩陈裕坤赖钟雄林玉玲

【Author】 ZHANG Shuting;ZHU Chen;WANG Peiyu;CHEN Xu;CHEN Xiaohui;BAI Yu;ZHANG Zihao;CHEN Yukun;LAI Zhongxiong;LIN Yuling;Institute of Horticultural Biotechnology, Fujian Agriculture and Forestry University;

【机构】 福建农林大学园艺植物生物工程研究所

【摘要】 【目的】研究龙眼miR172家族的进化特性及其在龙眼不同组织部位中的表达模式。【方法】采用生物信息学分析及实时荧光定量PCR的方法,对龙眼miR172家族5条前体(pre-miR172)序列及1条成熟体序列进行分析,并预测其前体二级结构,构建系统发育进化树,预测靶基因及分析不同组织部位的定量表达情况。【结果】对龙眼miR172家族5条前体序列进行多序列比对,发现miR172家族两端相对保守,中间区域则形成各自的特异性区域。对miR172家族5条前体及1条成熟体进行多序列比对,发现6条序列间存在1个约20个碱基的保守区域,推测该区域可能为miR172家族成熟体所在区域。Mfold软件预测结果显示,pre-miR172家族成员均能形成典型的茎环二级结构,其最小折叠自由能为-35.80~-54.45 kal·mol-1,较为稳定。系统发育进化树结果显示,龙眼pre-miR172家族成员与甜橙、毛果杨等植物的miR172亲缘关系较近。靶基因预测结果显示,龙眼miR172a的靶基因包括AP2、蝶呤型钼辅因子(molybdopterin cofactor)、谷氨酰-t RNA(glutamyl-t RNA)、假定蛋白(hypothetical protein)等。实时荧光定量PCR结果显示,miR172家族各成员在龙眼不同组织部位中的表达模式总体相似,均在叶芽和生殖生长阶段中大量表达,在营养生长阶段及果实中表达量则较低,但dlo-miR172-scaffold4293特异地在叶片中高表达。【结论】龙眼miR172家族在进化过程中保守性与特异性并存,且可能参与了龙眼部分器官的形成及发育过程。

【基金】 福建省自然科学基金杰出青年项目(2015J06004);国家自然科学基金(31672127,31572088);福建省重大专项(2015NZ0002-1);福建省新世纪人才项目(20151104);福建农林大学“杰出青年科研人才”培养专项基金(xjq201405)
【所属期刊栏目】 种质资源·遗传育种·分子生物学 (2017年11期)
  • 【DOI】10.13925/j.cnki.gsxb.20170218
  • 【分类号】S667.2
  • 【被引频次】5
  • 【下载频次】164
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