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枣类甜蛋白基因家族的鉴定与生物信息学分析

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【作者】 刘潮韩利红王海波高永唐利洲

【Author】 LIU Chao;HAN Lihong;WANG Haibo;GAO Yong;TANG Lizhou;Center for Yunnan Plateau Biological Resources Protection and Utilization·College of Biological Resource and Food Engineering·Key Laboratory of Yunnan Province Universities of the Diversity and Ecological Adaptive Evolution for Animals and Plants on Yungui Plateau, Qujing Normal University;

【机构】 曲靖师范学院云南高原生物资源保护与利用研究中心·生物资源与食品工程学院·云南省高校云贵高原动植物多样性及生态适应性进化重点实验室

【摘要】 【目的】从枣全基因组中鉴定类甜蛋白(thaumatin like protein,TLP)基因,为枣TLP基因的功能研究与利用提供参考。【方法】通过生物信息学方法从枣基因组数据库中鉴定TLP基因家族成员,并对基因结构、进化、启动子区顺式作用元件和密码子使用性等进行分析。【结果】共鉴定到34个枣TLP基因,位于9条染色体上,分为4种结构类型,基因结构相对较简单;系统发育进化分析归为9个聚类组,其中聚类组5和聚类组6中的成员最多;基因启动子区发现多个与增强基因表达、激素响应和胁迫响应相关的元件;基因密码子使用偏性弱,基因进化主要受碱基突变的影响。【结论】枣基因组中含有34个TLP基因家族成员,数量相对偏少;在植物生长、果实发育和抵御胁迫过程中发挥作用;进化过程中主要受突变选择压力影响。该研究为TLP基因家族的功能分析和遗传育种应用提供了参考和借鉴。

【关键词】 类甜蛋白生物信息学密码子使用性
【基金】 国家自然科学基金(31460179、31760103);云南省地方本科高校基础研究联合专项(2017FH001-034)
【所属期刊栏目】 种质资源·遗传育种·分子生物学 (2018年04期)
  • 【DOI】10.13925/j.cnki.gsxb.20170411
  • 【分类号】S665.1
  • 【下载频次】311
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