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梨果皮转录组SSR位点信息分析

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【作者】 薛华柏杨健王龙王苏珂苏艳丽张慧蓉刘月李秀根

【Author】 XUE Huabai;YANG Jian;WANG Long;WANG Suke;SU Yanli;ZHANG Huirong;LIU Yue;LI Xiu-gen;Zhengzhou Fruit Research Institute,Chinese Academy of Agricultural Sciences;

【通讯作者】 李秀根;

【机构】 中国农业科学院郑州果树研究所

【摘要】 【目的】基于‘满天红’ב红香酥’杂交组合红皮单株果实转色期果皮混合样品和同期绿皮单株果皮混合样品的转录组数据,开发SSR分子标记,为梨遗传研究和基因定位奠定基础。【方法】利用MISA软件对基因序列进行搜索,查找SSR序列。利用Primer 3软件设计引物,并利用标记所在scaffold信息为成功设计引物的SSR位点标注所在连锁群及其遗传位置参考信息。【结果】23 863个基因中有2 972个基因序列,共含有3 555个SSR,占鉴定基因总数的12.45%。在1~6碱基重复基元的SSR中,三碱基重复类型出现频率最高,占总SSR数量的63.09%;其次为二碱基和单碱基重复类型,分别占20.14%和15.22%。单碱基和二碱基重复类型基元中,分别以A/T(87.80%)和AG/CT(84.64%)为主;三碱基类型中,AGG/CCT数量虽然最多,但仅占该类型数量的23.00%。4~6碱基重复中,各类型数量均不多。基因GO功能分类发现:2 972个含有SSR位点的梨果皮转录组基因被富集到3个Ontology类别的2 644个GO Term中,Biological process涉及的GO Term最多,为1 512个。共2 911个SSR位点(81.88%)被成功设计了引物,其中864个2~6碱基类型SSR位点被成功归集到17条连锁群。【结论】从梨果皮转录组基因序列数据中成功鉴定了SSR并开发了引物,可以为梨品种指纹图谱构建、遗传多样性研究和分子标记辅助选择育种等研究提供更多的标记。

【关键词】 RNA-Seq转录组SSR
【基金】 兵团重点领域科技攻关项目(2018AB035);现代农业(梨)产业技术体系(CARS-28);河南省科技攻关项目(172102110244)
【所属期刊栏目】 研究报告 (2018年S1期)
  • 【DOI】10.13925/j.cnki.gsxb.2018.S.09
  • 【分类号】S661.2
  • 【下载频次】85
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