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石榴ARF基因家族鉴定及表达分析

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【作者】 黄贤斌张太奎刘翠玉赵玉洁魏洪珉周涧青苑兆和

【Author】 HUANG Xianbin;ZHANG Taikui;LIU Cuiyu;ZHAO Yujie;WEI Hongmin;ZHOU Jian-qing;YUAN Zhaohe;Co-innovation Center for Sustainable Forestry in Southern China,Nanjing Forestry University;College of Forestry,Nanjing Forestry University;

【通讯作者】 苑兆和;

【机构】 南京林业大学南方现代林业协同创新中心南京林业大学林学院

【摘要】 【目的】筛选并分析石榴生长素响应因子(auxin response factor,ARF)基因家族,为解析石榴ARF基因功能及信号转导调控机制的研究提供参考。【方法】利用生物信息学工具,系统地分析石榴ARF基因家族成员的基因结构、蛋白理化性质、蛋白结构、保守基序、系统进化和RNA-Seq数据。【结果】石榴全基因组中鉴定出19个可能的ARF家族基因,根据系统发育树可以划分为4类。PgARF基因家族成员的扩张与全基因组复制事件有关,存在串联重复现象。RNA-Seq数据分析表明,PgARF有一定的组织表达特异性,存在假基因化和新功能化的可能。【结论】整合以上基因结构、系统发育与进化、RNA-Seq表达等分析结果,发现石榴ARF蛋白具有典型的B3、Auxin_resp结构域,多数还具有Aux/IAA结构域。石榴ARF基因家族基因结构和保守基序的进化与进化时间相关,同时家族成员扩张主要与全基因组复制事件相关。

【关键词】 石榴ARF基因家族进化分析表达分析
【基金】 南京林业大学高层次人才科研启动基金(GXL2014070);南京林业大学优秀博士学位论文创新基金;江苏省普通高校研究生科研创新计划(KYLX16_0857);江苏省高校优势学科建设工程项目(PAPD)
【所属期刊栏目】 种质资源·遗传育种·分子生物学 (2019年01期)
  • 【DOI】10.13925/j.cnki.gsxb.20180164
  • 【分类号】S665.4
  • 【被引频次】3
  • 【下载频次】593
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