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基于基因组重测序数据高效筛选梨SSR标记多态性引物

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【作者】 蒋爽骆军王晓庆施春晖

【Author】 JIANG Shuang;LUO Jun;WANG Xiaoqing;SHI Chunhui;Forestry and Fruit Tree Research Institute/Shanghai Key Laboratory of Protected Horticultural Technology,SAAS;

【通讯作者】 骆军;

【机构】 上海农业科学院林木果树研究所·上海市园艺重点实验室

【摘要】 【目的】基于重测序数据开发一种快速筛选样品间SSR标记多态性的方法。【方法】通过基因组重测序技术对2个砂梨品种’早生新水’和’秋水’、1个西洋梨栽培品种’早红考密斯’以及3个梨属野生种豆梨、川梨和杜梨进行重测序,对已报道的446对梨SSR引物和新开发16对引物进行多态性测试,使用Magicblast匹配测序产生的Reads到上述SSR位点序列,获得SSR两侧保守序列之间的长度,筛选出多态性的引物。使用荧光PCR对部分筛选出的多态性引物进行验证。【结果】单个SSR位点在不同样品间获得匹配的平均Reads数能够超过16条,每个样品均获得了220个以上位点的信息,380对引物在不同样品间能够获得多态性的片段。精确分析了梨LG3早熟候选区域29个SSR位点在’早生新水’和’秋水’中的扩增情况,共鉴定出9个多态性表现好的位点。荧光PCR验证结果显示,通过预备筛选的引物表现出良好的多态性。【结论】本研究的方法一次能够筛选多对SSR引物,在常规PCR前可以预先获得不同引物的多态性信息,从而提高引物筛选效率。本方法不仅能应用于梨重测序数据快速筛选SSR引物,对其他动植物上的类似研究同样适用。

【关键词】 重测序SSR标记多态性
【基金】 上海市市级农口系统青年人才成长计划(2013TD05);上海市种业发展项目(沪农科种字2017-3-2)
【所属期刊栏目】 种质资源·遗传育种·分子生物学 (2019年02期)
  • 【DOI】10.13925/j.cnki.gsxb.20180335
  • 【分类号】S661.2
  • 【被引频次】4
  • 【下载频次】407
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