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‘惠水金橘’的叶绿体基因组特征分析

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【作者】 王小柯郑乾明罗怿柏自琴李文云李金强蔡永强

【Author】 WANG Xiaoke;ZHENG Qianming;LUO Yi;BAI Ziqin;LI Wenyun;LI Jinqiang;CAI Yongqiang;Institute of Pomology Science, Guizhou Academy of Agricultural Sciences;

【通讯作者】 蔡永强;

【机构】 贵州省农业科学院果树科学研究所

【摘要】 【目的】分析贵州地方柑橘品种‘惠水金橘’的叶绿体基因组特征及分子标记,为研究该品种的系统进化关系、丰富柑橘类果树叶绿体分子标记奠定基础。【方法】提取‘惠水金橘’成熟叶片总DNA,构建小片段插入文库并测序,以甜橙叶绿体基因组为参考,筛选叶绿体基因组相关序列组装,开展SSR(simple sequence repeat,简单重复序列)预测、SNP(single nucleotide polymorphisms,单核苷酸多态性)/InDel(insertion-deletion,插入缺失)分析以及聚类分析。【结果】组装后获得叶绿体基因组全长为160 698 bp,GC含量为38.42%,共有117种基因被注释;检测到92个SSR位点,大部分的SSR位点都偏向于A/T组成;检测到417个SNPs位点、149个InDels位点、InDel的标记密度约为每kb 0.927个。进化树显示该品种与其他宽皮柑橘聚为一大类。【结论】利用高通量测序技术挖掘柑橘叶绿体基因组DNA分子标记是可行的。

【关键词】 柑橘叶绿体基因组高通量测序SSRsSNP/InDels
【基金】 国家现代农业(柑桔)产业技术体系建设专项(CARS-26);贵州省科技攻关项目(黔科合NZ[2015]3001)
【所属期刊栏目】 种质资源·遗传育种·分子生物学 (2019年03期)
  • 【DOI】10.13925/j.cnki.gsxb.20180294
  • 【分类号】S666
  • 【被引频次】1
  • 【下载频次】250
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