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苹果锈果类病毒火焰海棠分离物全基因组克隆及序列分析

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【作者】 张富军张振鲁张蕊芬王寻由春香郝玉金

【Author】 ZHANG Fujun;ZHANG Zhenlu;ZHANG Ruifen;WANG Xun;YOU Chunxiang;HAO Yujin;College of Horticulture Science and Engineering, Shandong Agricultural University/State Key Laboratory of Crop Biology;Qingdao Academy of Agricultural Sciences;

【通讯作者】 由春香;郝玉金;

【机构】 山东农业大学园艺科学与工程学院·作物生物学国家重点实验室青岛市农业科学研究院

【摘要】 【目的】检测从山东青岛采集的有"花脸"症状的火焰海棠(Malus‘Flame’)果实是否带有苹果锈果类病毒(Apple scar skin viroid,ASSVd)。【方法】提取带有"花脸"症状的火焰海棠果皮总RNA,设计ASSVd特异性引物,利用RTPCR方法进行检测。设计基因特异性引物扩增ASSVd基因组全长,并进行克隆、测序,利用CLC RNA Workbench4预测其二级结构。用DANMAN软件比对来自中国不同地区、不同寄主的苹果锈果类病毒分离物基因序列。用MEGA-7软件分析山东火焰海棠ASSVd分离物与来自不同国家、不同寄主ASSVd分离物的遗传关系。【结果】从山东青岛采集的表现"花脸"症状的火焰海棠果皮中检测到ASSVd,推测火焰海棠果皮的"花脸"症状可能由ASSVd引起。利用基因特异性引物克隆4条ASSVd基因组全长序列,其长度为333~334 bp,在GenBank的登录号依次为MK102981-MK102984。ASSVd序列比对结果显示,来源于不同寄主的分离物存在差异。系统进化树显示ASSVd不存在明显的地区专化性,进一步对ASSVd二级结构分析发现不同寄主的ASSVd致病区(P)存在明显的差异。【结论】从山东青岛采集的带有"花脸"症状的火焰海棠果实带有ASSVd。本研究从火焰海棠检测到ASSVd,明确其为自然寄主之一,且火焰海棠果实的"花脸"症状形成可能与ASSVd侵染有关。

【基金】 国家自然科学基金(31772288);国家现代苹果产业技术体系(CARS-27)
【所属期刊栏目】 种质资源·遗传育种·分子生物学 (2019年08期)
  • 【DOI】10.13925/j.cnki.gsxb.20190047
  • 【分类号】S436.611.1
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