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基于高通量测序发掘番木瓜果实成熟相关miRNA

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【作者】 申艳红姜涛刘璐琪石天磊赵湾湾陈晓静

【Author】 SHEN Yanhong;JIANG Tao;LIU Luqi;SHI Tianlei;ZHAO Wanwan;CHEN Xiaojing;College of Horticultural Science and Technology, Hebei Normal University of Science and Technology;College of Horticulture,Fujian Agriculture and Forestry University;

【通讯作者】 陈晓静;

【机构】 河北科技师范学院园艺科技学院福建农林大学园艺学院

【摘要】 【目的】番木瓜是典型的呼吸跃变型果实,外源乙烯处理使番木瓜呼吸跃变提前,促进果实成熟。分离番木瓜果实成熟相关miRNA,为深入了解呼吸跃变型果实的成熟分子机制奠定基础。【方法】利用高通量测序技术对乙烯(ETH)、1-MCP和清水对照(CG)处理的番木瓜果实进行miRNA和转录组高通量测序,然后对测序获得数据进行生物信息学分析,进行miRNA鉴定和靶基因预测,并与转录组测序结果进行关联分析。【结果】乙烯、1-MCP和对照处理分别获得10 734 196、16 486 803和16 067 290条纯净序列,共鉴定出523个miRNA。其中,已知miRNA个数为1-MCP(303)、CG(214)和ETH(239),新miRNA个数为1-MCP(184)、CG(188)和ETH(114)。与对照相比,在乙烯处理中上调和下调表达的miRNA分别是123和72条。靶基因预测共获得5 053个靶基因,KEGG功能富集分析显示它们参与了戊糖、葡萄糖醛酸转换、淀粉和蔗糖代谢、卟啉和叶绿素代谢、类胡萝卜素合成等代谢途径。筛选出的番木瓜果实成熟衰老相关候选miRNA,包含4个果实软化调控相关miRNA(miR167-y、miR4993-x、miR3946-x和miR5059-x)、3个果实颜色调控相关miRNA(miR4993-x、miR815-y和miR7810-x)、3个激素调控相关miRNA(miR4993-x、miR8004-x和miR9722-x)和4个转录因子调控相关miRNA(miR5641-y、miR9722-x、miR838-y和miR319-y)。【结论】筛选的番木瓜果实成熟衰老相关miRNA为今后果实成熟衰老调控网络研究提供了可能的线索。

【关键词】 番木瓜乙烯小RNA高通量测序果实
【基金】 河北科技师范学院博士研究启动基金项目(2018YB023)
【所属期刊栏目】 种质资源·遗传育种·分子生物学 (2019年11期)
  • 【DOI】10.13925/j.cnki.gsxb.20190229
  • 【分类号】S667.9
  • 【被引频次】1
  • 【下载频次】255
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