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中华猕猴桃fasciclin基因家族生物信息学分析及克隆

周婉莹1曲东1张晓娟1张文慧2刘艳飞3张羽1

1. 陕西理工大学生物科学与工程学院2. 安康市农业科学研究院3. 西北农林科技大学园艺学院

摘要:【目的】探讨fasciclin基因在中华猕猴桃中的生物信息。【方法】对中华猕猴桃雌株38个fasciclin基因进行生物信息学分析和克隆其中一个与性别相关的fasciclin基因。【结果】38个fasciclin基因编码133~606个氨基酸。丝氨酸、苏氨酸和酪氨酸磷酸化位点范围分别为10~56个、2~26个、0~8个。38个fasciclin基因拥有1~9个motif结构(取值10),其中Motif3为共同具有。68.42%fasciclin蛋白为不稳定疏水性蛋白。2 000 bp启动子区共预测到TFs 110个,较多的TFs依次为BBR-BPC、TALE和AP2,9个基因没有预测到TFs结合位点。UPGMA聚类法把38个fasciclin蛋白分成2类。基因克隆序列(723 bp)具有fasciclin保守结构域,该序列只比对到8号染色体上。【结论】fasciclin基因保守性不强;克隆序列与中华猕猴桃雌雄性状显著关联,但与美味猕猴桃雌雄无关联;雌株中的同源区没有注释到基因。
  • DOI:

    10.13925/j.cnki.gsxb.20200011

  • 专辑:

    农业

  • 专题:

    园艺

  • 分类号:

    S663.4

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