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基于RNA-seq东北林蛙(Rana dybowskii)微卫星特征分析及应用

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【作者】 迟天舒周政霖张秀惠杨宝田董丙君周瑜

【Author】 CHI Tianshu;ZHOU Zhenglin;ZHANG Xiuhui;YANG Baotian;DONG Bingjun;ZHOU Yu;College of Life Science,Shenyang Normal University;

【通讯作者】 杨宝田;

【机构】 沈阳师范大学生命科学学院

【摘要】 利用高通量测序技术对东北林蛙(Rana dybowskii)转录组进行了Next Seq500测序及拼装,获得了大量含有微卫星片段的序列并对其进行特征分析。结果表明:共获得456 669条Unigene,其中二核苷酸、三核苷酸、四核苷酸比例较为平均,分别为32.25%、29.12%、27.91%。二碱基重复类型中AT/AT为优势重复单元,有6 063个,占全部二碱基重复的61.0%;三碱基重复类型中AAT/ATT为最主要的重复单元,有2 668个,占全部三碱基重复的29.7%,其次为TCC/GGA重复数,有2 211个,占全部三碱基重复的24.6%;四碱基重复类型中AAAT/ATTT占绝对优势,有2 788个,占全部四碱基重复的32.4%。按照标准对全部的Unigenes进行位点搜索,筛选出89个微卫星位点,最终选择8个位点应用于36个个体上进行等位基因分型。观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)和多态信息含量(PIC)分别为0.000~0.667,0.105~0.926,0.099~0.921。这些位点可作为后续对东北林蛙的种群遗传、个体识别等研究的有力工具。

【关键词】 东北林蛙微卫星位点种群分析
【基金】 辽宁省自然科学基金指导计划项目(201602677)
【所属期刊栏目】 研究论文 (2020年02期)
  • 【DOI】10.13326/j.jea.2019.1427
  • 【分类号】S917.4
  • 【下载频次】73
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