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埃可病毒11型分离株的分子流行病学研究

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【作者】 姚学君管书慧陈国清李峰刘秀兰沈进进

【Author】 YAO Xue-jun;GUAN Shu-hui;CHEN Guo-qing;LI Feng;LIU Xiu-lan;SHEN Jin-jin;Yancheng Municipal Center for Disease Control and Prevention;

【机构】 盐城市疾病预防控制中心

【摘要】 目的分析埃可病毒11型(Echovirus 11,Echo11)分离株全长VP1区序列的遗传进化规律和流行趋势。方法从GenBank下载全球Echo11型病毒分离株全长VP1区序列,采用生物信息学技术手段构建进化树、测算序列同源性、预测正向选择位点、计算氨基酸置换熵值。结果合计纳入433株Echo11型病毒分离株,毒株来源于34个国家,时间跨度为1953—2018年;上传地区前3位是中国(143株,占33.0%)、俄罗斯(91株,占21.0%)和日本(36株,占8.3%);基因型A和D为流行优势株。433株分离株VP1区核苷酸和氨基酸序列平均同源性分别为81.9%和92.0%。不同基因型间平均同源性分别为75.6%~81.1%和86.8%~93.0%。核苷酸碱基总突变数10 844bp,总突变率2.9%;276位氨基酸为正向选择位点,存在34个氨基酸易突变位点,易突变率11.6%。结论全球Echo11型病毒存在不同基因型分离株循环流行,分子亲缘性较远。

【基金】 江苏省预防医学课题(Y2018052);盐城市医学科技发展计划项目(YK2018022)
【所属期刊栏目】 论著 (2020年02期)
  • 【DOI】10.13668/j.issn.1006-9070.2020.02.003
  • 【分类号】R373
  • 【下载频次】13
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