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紫扇贝与海湾扇贝杂交一代EST-SSR分析及分子标记开发

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【作者】 陈银刘博徐冬雪林基亮曹为安王春德

【Author】 CHEN Yin;LIU Bo;XU Dongxue;LIN Jiliang;CAO Weian;WANG Chunde;College of Marine Science and Engineering,Qingdao Agricultural University;

【通讯作者】 王春德;

【机构】 青岛农业大学海洋科学与工程学院

【摘要】 利用紫扇贝与海湾扇贝的杂交扇贝作为试验对象,通过转录组测序对紫海杂交一代扇贝EST(expressed sequence tags)序列进行挖掘、验证,分析微卫星(simple sequence repeats,SSR)在这些序列中的总体分布特征,开发紫海杂交一代扇贝EST-SSR引物。结果显示,紫海杂交扇贝的基因组中含有大量的微卫星DNA,且种类丰富。各种类型出现的频率相差很大,在1~6核苷酸重复基元中,1~2核苷酸是主要重复类型,占总SSR的92.75%。三核苷酸重复序列占比较少,为SSR总数的6.00%,四核苷酸重复序列、五核苷酸重复序列和六核苷酸重复序列的比例仅为1.25%。应用20个杂交一代个体对20对微卫星引物进行PCR扩增筛选,其中13对引物显示出多态性,共检测到36个等位基因,每个位点的等位基因变化从2个到4个不等(平均每个位点2.77),平均观测杂合度(Ho)为0.67,平均期望杂合度为(He)0.53,多态信息含量(PIC)变化范围为0.32~0.69,平均多态信息含量(PIC)为0.44。表明紫海杂交一代扇贝保持了较高的遗传多样性。试验获得的EST-SSR引物,可用于紫海杂交一代扇贝的种质资源开发、定向选育及遗传结构研究。

【基金】 山东省现代农业产业技术体系贝类创新团队项目(SDAIT-14)
【所属期刊栏目】 海洋科学与工程 (2019年03期)
  • 【分类号】S917.4
  • 【下载频次】27
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