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基于数据库的胃癌相关差异表达基因筛选及生物学功能分析

张越时1郭隽馥2

1. 辽宁中医药大学医学检验学院2. 辽宁中医药大学教学实验中心

摘要:目的基于数据库筛选胃癌相关差异表达基因,分析胃癌相关差异表达基因的生物学功能及相关信号通路,探索胃癌相关核心差异表达基因与胃癌预后的关系。方法从GEO数据库选取胃癌相关基因芯片GSE79973、GSE54129,应用GEO2R分别筛选出两组芯片胃癌组织与正常胃黏膜组织的差异表达基因,取交集后得到共有差异表达基因。应用DAVID对差异表达基因进行生物学功能及信号通路分析。采用STRING构建差异表达基因蛋白互作网络,应用Cytoscape软件的MCODE插件筛选胃癌相关核心差异表达基因。对核心差异表达基因与胃癌预后的关系进行分析。结果相对于正常胃黏膜组织,胃癌组织差异表达基因共164个,其中42个上调、122个下调,主要存在于胞外区、蛋白细胞外基质、细胞外基质、细胞外外泌体等部位,主要涉及细胞外基质受体相互作用、局部黏附、蛋白质消化和吸收、细胞色素P450代谢等相关通路。初步筛选出13个胃癌相关核心基因(COL1A2、BGN、THBS2、FN1、THBS1、COL1A1、COL4A1、SPARC、COL11A1、COL6A3、COL12A1、TIMP1、SPP1),除THBS1外,其余12个与胃癌不良预后明显相关(P均<0.05)。结论与正常胃黏膜组织相比,胃癌组织相关差异表达基因共164个,其中42个上调、122个下调,主要在胞外区、蛋白细胞外基质等部位,主要与细胞外基质受体相互作用、局部黏附等相关通路有关; 13个胃癌相关核心基因COL1A2、BGN、THBS2等中有12个与胃癌不良预后相关。
  • 专辑:

    医药卫生; 电子技术及信息科学

  • 专题:

    肿瘤学; 计算机软件及计算机应用

  • 分类号:

    R735.2;TP311.13

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