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重金属暴露铜锈环棱螺全组织均一化cDNA文库构建及表达序列标签特征分析

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【作者】 安立会郑丙辉王静波张雷李子成付青王春燕赵兴茹陈浩王丽靖尚晶晶

【Author】 An Lihui1,2,*,Zheng Binghui1,2,Wang Jingbo3,Zhang Lei1,2,Li Zicheng1,2,Fu Qing2,Wang Chunyan2,Zhao Xingru1,2,Chen Hao1,2,Wang Lijing1,Shang Jingjing1,21.State key Laborary of Environmental Criteria and Risk Assment,Chinese Research Academy for Environment Sciences,Beijing,100012,China2.State Environmental Protection Key Laboratory of Estuarine and Coastal Research,Chinese Research Academy for Environment Sciences,Beijing,100012,China3.Beijing Aquiculture Technology Extension Station,Beijing,100021,China

【机构】 中国环境科学研究院环境基准与风险评估国家重点实验室中国环境科学研究院国家环境保护河口与海岸带重点实验室北京市水产技术推广站

【摘要】 构建cDNA文库是寻找生物新功能基因的有效手段。采用SMART技术构建了重金属铜和镉暴露铜锈环棱螺全组织均一化cDNA文库,文库库容为1.78×106克隆,重组率大于99%。从初始文库中随机挑取6000个克隆进行测序,获得5473个高质量表达序列标签(ESTs)序列。经聚类分析得到3961个Unigene(平均长度为815bp),其中包含897条重叠群(Contigs),3604条单拷贝EST序列(Singlets),冗余度为27.63%。对ESTs序列进行相似性功能分类(COG)、标准基因词汇体系(GO)功能分类和基因与基因组(KEEG)代谢途径的生物信息学分析。结果表明此文库含有大量的生长发育、细胞信号传导机制和生物防御机制等相关基因,为进一步筛选铜锈环棱螺功能基因奠定了生物信息学基础,也为发展铜锈环棱螺毒理效应研究提供了丰富的信息资源。

【基金】 国家水体污染控制与治理科技重大专项(2009ZX07528-03);中国新型环境问题(2009467109)
【所属期刊栏目】 专论 (2011年03期)
  • 【分类号】X174
  • 【被引频次】1
  • 【下载频次】169
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