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氨态氮对菲律宾蛤仔毒理机制研究的内参基因筛选

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【作者】 曹滕飞丛明李兆艳赵建民吕家森李成华

【Author】 Cao Tengfei;Cong Ming;Li Zhaoyan;Zhao Jianmin;Lv Jiasen;Li Chenghua;School of Marine Sciences, Ningbo University;Yantai Institute of Coastal Zone Research, Chinese Academy of Sciences;College of Life Science, Yantai University;

【机构】 宁波大学海洋学院中国科学院烟台海岸带研究所烟台大学生命学院

【摘要】 为了准确和系统地分析NH3-N对菲律宾蛤仔(Ruditapes philippinarum)毒性的分子机制,并对相关基因的转录组学数据进行验证,利用ge Norm和Normfinder这2种软件,以暴露30 d中不同时间点的鳃组织c DNA为模板,从18S r RNA(18S)、beta-actin(Actin)、beta-tubulin(Tubu)、elongation factor 1-alpha(EF1α)、cyclophilin A(Cy PA)、Ubiquitin(Ub)等6个备选管家基因中,筛选可以稳定表达的内参基因,作为转录组学分析的内参基因。以稀释50倍的鳃组织c DNA模板作为检测模板,ge Norm软件分析获得6对备选内参基因的表达稳定性依次为:EF1α>Cy PA>Actin>Tubu>Ub>18S,较优内参为EF1α和Cy PA;Norm Finder软件分析获得6对备选内参基因的表达稳定性为:EF1α>Actin>Tubu>Cy PA>Ub>18S,最优内参基因为EF1α。为了验证上述筛选结果,分别以EF1α和Cy PA作为内参基因研究unigene1的表达趋势,发现以EF1α为内参基因时,unigene1的q RT-PCR的表达趋势与其转录组表达倍数的变化趋势一致。因此确定NH3-N暴露菲律宾蛤仔后,鳃组织中表达最为稳定的内参基因为EF1α。

【关键词】 氨氮菲律宾蛤仔内参基因
【基金】 国家自然科学基金(41406132)
【所属期刊栏目】 专论 (2017年02期)
  • 【分类号】X171.5
  • 【被引频次】3
  • 【下载频次】113
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