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大气细颗粒物暴露后小鼠肺组织microRNA差异表达谱芯片分析

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【作者】 侯天芳廖纪萍马元元张成王广发

【Author】 Hou Tianfang;Liao Jiping;Ma Yuanyuan;Zhang Cheng;Wang Guangfa;Department of Respiratory and Critical Care Medicine, Peking University First Hospital;Department of Laboratory Animal Center, Peking University First Hospital;

【机构】 北京大学第一医院呼吸和危重症医学科北京大学第一医院实验动物中心

【摘要】 microRNAs作为临床疾病早期诊断的新型生物标记物越来越受到重视,为了进一步探究其在大气污染暴露后引起疾病的分子染毒机制。本研究通过建立大气污染小鼠染毒模型,利用Agilent芯片筛查小鼠肺组织中microRNAs差异表达谱,并通过实时荧光定量PCR方法验证芯片结果,使用Target Scan,PITA,microRNAorg数据对差异mi RNA进行靶基因预测,进行靶基因富集的基因功能(GO)和信号通路(KEGG)分析。结果显示,大气细颗粒物暴露2周后小鼠肺组织microRNAs有显著差异表达谱,高剂量暴露组与对照组比较有4个mi RNAs上调,低剂量暴露组与对照组比较有2个mi RNAs上调,高剂量组与低剂量组比较,有4个mi RNAs上调(标准为fold change值>=2.0且P值<=0.05),挑选差异明显的mi RNAs进行q RT-PCR验证,mi R-139-5p、mi R-691及mi R-340-3p变化趋势与芯片一致,生物信息学结果显示,差异表达的mi RNAs所调控的靶基因明显富集于34个GO通路(包括RNA转录酶II启动子的转录,RNA拼接,DNA模板,蛋白质结合和核酸结合)和32个KEGG通路(主要集中轴突导向通路和癌症通路)。综上所述,大气细颗粒物暴露染毒可诱导小鼠肺组织中mi R-139-5p、mi R-691及mi R-340-3p明显上调,且生物信息学分析提示中枢神经系统发育及癌症通路可能作为PM2.5暴露相关差异表达mi RNAs调控靶基因介导的主要致病通路。

【关键词】 大气污染PM2.5microRNA生物信息学
【基金】 国家自然科学基金面上项目(No.81370106);北京市自然科学基金重点项目(No.7161013);首都卫生发展专项研究重点攻关项目(No.2016-1-4071);北京大学临床研究项目(No.PUCRP201303);国家重点研发计划(No.2017YFC1309500)
【所属期刊栏目】 专论 (2018年01期)
  • 【分类号】R994.6;X513
  • 【被引频次】2
  • 【下载频次】128
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