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水痘-带状疱疹病毒VZV84-7株全基因序列测定及分析

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【作者】 李秀玲王潇潇张中洋郝春生张晨何薇薇

【Author】 LI Xiu-ling,WANG Xiao-xiao,ZHANG Zhong-yang,et al (National Vaccine & Serum Institute,Beijing 100024,China)

【机构】 北京生物制品研究所病毒性疫苗研究二室

【摘要】 目的分析我国自行分离的水痘-带状疱疹病毒疫苗株北京株(VZV84-7株)的全基因序列及特征。方法采用超速离心法获得纯化病毒颗粒,酚-氯仿法抽提病毒基因组DNA后超声破碎,回收1500~3000bp的片段,克隆至质粒pUC18中,构建病毒DNA文库,进行测序及序列分析,并与Dumas野毒株进行比较,绘制种系发育树,分析其与其他株VZV的同源性。结果VZV84-7株基因组全长125083bp,G+C含量为46.1%。基因组各区段长度及G+C含量分别为:UL:104746bp,G+C:44.3%;TRL和IRL:各89bp,G+C:69.7%;Us:5235bp,G+C:42.8%;TRS和IRS:各7462bp,G+C:59.3%。其R2可变区重复单位的拷贝数为7个,R4可变区为9个,R5可变区为1个。VZV84-7株共有71个ORFs,其中3个基因位于重复序列区,位于IRS的ORF69~71与位于TRS的ORF62~64序列完全一致。与Dumas株相比,共有248个核苷酸位置存在差异,大部分突变为单个核苷酸替换,另有部分插入或缺失性突变。其中碱基转换比碱基颠换更常见,发生率分别为66%和34%。种系发育分析结果显示,VZV84-7株与其他株VZV的同源性为95%以上。结论VZV84-7株具有其独特的基因特征,但与其他株VZV具有较高的同源性。

【关键词】 水痘-带状疱疹病毒基因序列
【所属期刊栏目】 基础研究 (2010年01期)
  • 【DOI】10.13200/j.cjb.2010.01.7.lixl.009
  • 【分类号】R373.12
  • 【被引频次】3
  • 【下载频次】303
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