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丹参新的EST-SSR分布规律及分子标记的建立

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【作者】 王学勇周晓丽高伟崔光红黄璐琦刘春生

【Author】 WANG Xueyong1,ZHOU Xiaoli1,GAO Wei3,CUI Guanghong2,HUANG Luqi2,LIU Chunsheng1(1.Beijing University of Chinese Medicine,Beijing 100102,China;2.Institute of Chinese materia medica,China Academy of Chinese Medical Scineces,Beijing 100700,China;3.School of Traditional Chinese Medicine,Capital Medical University,Beijing 100069,China)

【机构】 北京中医药大学中药学院首都医科大学中医药学院中国中医科学院中药研究所

【摘要】 目的:建立新近较高覆盖度丹参EST-SSR分子标记,为不同产地来源丹参居群的遗传变异分析奠定基础。方法:对截止2010年11月Genbank下载的丹参EST序列结合HMPL实验室获取的共计1 408条EST序列,进行处理,获取高质量EST序列;经SSRIT软件搜索、分析EST序列中SSR位点的分布规律及类型;在此基础上,运用Websat软件设计EST-SSR引物,经对不同产地丹参样本DNA模板的PCR筛选和条件优化,建立最新EST-SSR分子标记。结果:丹参的EST-SSR种类丰富、覆盖度较大,平均每5.8 kb就检出1条SSR。各种类型出现的频率相差很大,主要重复类型为二核苷酸、三核苷酸重复,分别占SSR总数的63.0%,35.5%,其次为四核苷酸和五核苷酸重复。在重复基元类型中,二核苷酸重复以CT/AG为主,三核苷酸重复以GAA/TCC为主。所优选的36对引物中有29对引物有扩增产物,有效率达80.5%,所选引物对不同产地丹参居群的分子标记出现了多态性。结论:建立的丹参最新EST-SSR分子标记具有较高的覆盖度和多态性,可用于不同产地丹参居群的遗传变异分析。

【关键词】 丹参EST-SSR分子标记
【基金】 国家自然科学基金项目(30801517);北京市自然科学基金项目(7092056)
【所属期刊栏目】 研究论文 (2011年03期)
  • 【分类号】S567.53
  • 【被引频次】28
  • 【下载频次】627
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