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基于高通量测序的玄参根部转录组学研究及萜类化合物合成相关基因的挖掘

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【作者】 潘媛陈大霞宋旭红张雪李隆云

【Author】 PAN Yuan;CHEN Da-xia;SONG Xu-hong;ZHANG Xue;LI Long-yun;Chongqing Academy of Chinese Material Medica;Chongqing Sub-center of National Resource,Center for Chinese Materia Medica,China Academy of Chinese Medical Science;Chongqing Engineering Research Center for Fine Variety Breeding Techniques of Chinese Materia Medica;

【机构】 重庆市中药研究院中国中医科学院中药资源中心重庆分中心重庆市中药良种选育与评价工程技术研究中心

【摘要】 该研究应用新一代测序技术Illumina HiSeqTM4000在转录水平上对药用植物玄参根部进行测序,结合生物信息学方法开展基因功能注释和SSR位点搜索。通过测序,共获得65 602 036条原始序列。利用生物信息学软件拼接和组装序列,获得73 983条unigene,平均长度823 bp。序列同源性比较表明,56 389条unigene与其他物种具有不同程度的同源性。通过Swiss-Prot,GO,KEGG,COG比对注释,发现520条编码玄参次生代谢途径关键酶基因和191个相关转录因子。利用MISA软件在所有unigenes中共搜索到11 659个SSR位点,重复类型以二核苷酸为主。该研究所获得的参与次生代谢的关键基因可为研究玄参药用成分的生物合成和调控机制奠定基础,获得的大量SSR位点为后续研究玄参种质鉴定及遗传多样性研究提供参考。

【关键词】 玄参转录组高通量测序萜类物质
【基金】 重庆市“科技平台与基地建设”项目(cstc2014ptyjd10001);中央本级重大增减支项目(2060302);重庆市基本科研业务计划项目(2015cstc-jbky-01903);重庆市基础与前沿研究计划项目(cstc2013jcyA10126)
【所属期刊栏目】 分子生药学 (2017年13期)
  • 【DOI】10.19540/j.cnki.cjcmm.20170614.004
  • 【分类号】S567.53
  • 【被引频次】5
  • 【下载频次】393
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