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基于高通量测序的药用植物“凤丹”根皮的转录组分析

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【作者】 谢冬梅俞年军黄璐琦彭代银刘丛彬朱月健黄浩

【Author】 XIE Dong-mei;YU Nian-jun;HUANG Lu-qi;PENG Dai-yin;LIU Cong-bin;ZHU Yue-jian;HUANG Hao;Institute of Traditional Chinese Medicine Resources Protection and Development,Anhui Academy of Chinese Medicine,Anhui University of Chinese Medicine;State Key Laboratory of Dao-di Herbs,National Resource Center for Chinese Materia Medica,China Academy of Chinese Medical Sciences;Anhui Jiren Pharmaceutical Co.,Ltd.;Beijing Tongrentang Anhui Traditional Chinese Medicinal Materials Co.,Ltd.;

【机构】 安徽中医药大学安徽省中医药科学院中药资源保护与开发研究所中国中医科学院中药资源中心道地药材国家重点实验室培育基地安徽济人药业有限公司北京同仁堂安徽中药材有限公司

【摘要】 牡丹皮为我国传统常用中药,安徽省铜陵地区栽培的"凤丹"根皮加工而成的药材牡丹皮被誉为道地药材,药用活性成分丰富多样,但目前尚不清楚"凤丹"药用部位次生代谢过程中活性物质合成的遗传学基础。研究采用Illumina Hi Seq 4000高通量测序平台对五年生"凤丹"根皮转录组进行测序,对测序结果进行de novo拼接和功能注释,测序后获得72 997条unigene。进一步利用公共数据库进行同源比对,其中41 139条unigene被Nr数据库成功注释,34 952条unigene能被GO数据库成功注释,20 016条unigene被KEGG数据库成功舒注释,共涉及到5个大类、34个种类、352条代谢通路;在次生物质合成与代谢途径中,其中苯丙素类化合物、萜类化合物骨架合成、各种类型萜类化合物、生物碱类化合物以及黄酮类成分生物合成途径中的unigene分别有214,104,152,55,36个;不同产地样本间差异表达基因的富集性比较显示不同产地样本间存在明显差异;此外,在72 997条unigene中共检测到9 939个SSR序列,其中二核苷酸重复的SSR标记占20.75%。研究的结果不仅为挖掘"凤丹"次生代谢物生物合成关键基因提供了基础数据信息,也为药用牡丹的遗传多样性研究和分子标记开发奠定了分子基础。

【基金】 国家自然科学基金项目(81503190);安徽高校科研创新平台团队项目(皖教秘科[2015]49号);安徽道地中药材品质提升协同创新中心项目(皖教秘科[2014]44号)
【所属期刊栏目】 分子生药学 (2017年15期)
  • 【DOI】10.19540/j.cnki.cjcmm.20170714.001
  • 【分类号】S567.15
  • 【被引频次】11
  • 【下载频次】519
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