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冬虫夏草转录组SSR位点信息分析研究

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【作者】 张涵王芳白静董强童锌芯袁媛国锦琳

【Author】 ZHANG Han;WANG Fang;BAI Jing;DONG Qiang;TONG Xin-xin;YUAN Yuan;GUO Jin-lin;Key Laboratory of Standardization of Chinese Medicine,Ministry of Education,Key Laboratory of Systematic Research,Development and Utilization of Chinese Medicine,Resources Breeding Base of Co-founded by Sichuan Province and MOST,Chengdu University of Traditional Chinese Medicine;Chinese Medicine Resource Center,China Academy of Chinese Medical Sciences;

【通讯作者】 国锦琳;

【机构】 成都中医药大学中药材标准化教育部重点实验室中药资源系统研究与开发利用国家重点实验室培育基地中国中医科学院中药资源中心

【摘要】 为探究冬虫夏草转录组中简单重复序列(simple sequence repeats,SSR)位点信息,开发冬虫夏草SSR分子标记奠定基础,该研究利用MISA(MicroSatellite)软件对冬虫夏草转录组拼接获得的16 875 unigene进行SSR位点数据挖掘,并使用Primer 3. 0软件设计引物。研究发现,冬虫夏草转录组中4 252条unigene含有5 899个SSR位点,出现频率为34. 99%,平均每7 952 bp出现1个SSR位点,以单核苷酸和三核苷酸重复为主,分别占总数的42. 5%,38. 48%。SSR序列中共包括74种基序类型,C/G和CCG/CGG是优势重复单元。6种SSR重复类型的重复次数集中于5~12次,长度大多小于24 bp。通过引物设计软件,共筛选得到12 282对引物,随机挑选的20对引物用于有效性检测,19对引物扩增出条带,引物有效率为95%。10对引物扩增出清晰、可重复特异性条带,其中引物P1具显著多态性。此外,经GO与KEGG功能注释后发现,含有SSR位点的unigene主要与遗传和环境功能相关。上述结果表明冬虫夏草转录组SSR位点出现频率较高、基元类型丰富、多态性较高,具有较高的可用性,为其遗传多样性分析、资源鉴定保护、基因功能研究等方面提供了丰富的候选分子标记。

【关键词】 冬虫夏草转录组SSR位点信息
【基金】 国家自然科学基金项目(81872959,81373920,30801522);四川省青年科技创新团队项目(19CXTD0055);国家留学基金委项目(201708570027)
【所属期刊栏目】 分子生药学 (2019年21期)
  • 【DOI】10.19540/j.cnki.cjcmm.20190829.102
  • 【分类号】S567.239
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