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红花 CtWD40转录因子家族基因的生物信息学分析

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【作者】 王刚章正仁王一非洪瑛琦刘秀明姚娜董园园李海燕

【Author】 WANG Gang;ZHANG Zheng-ren;WANG Yi-fei;HONG Ying-qi;LIU Xiu-ming;YAO Na;DONG Yuan-yuan;LI Hai-yan;College of Life Science, Jilin Agricultural University;Bioreactor and Drug Development, Ministry of Education, Jilin Agricultural University;

【通讯作者】 董园园;李海燕;

【机构】 吉林农业大学生命科学学院吉林农业大学生命物反应器与药物开发教育部工程研究中心

【摘要】 WD40转录因子家族是真核生物中广泛存在的基因超家族,与植物生长及发育调控密切相关。并且在以往的研究中发现WD40转录因子参与花色苷的合成,而花色苷是红花类黄酮化合物的重要组成之一。该研究通过生物信息学手段及基因表达分析方法鉴定了红花基因组中40个CtWD40家族成员。研究根据拟南芥等植物WD40蛋白序列及系统发育特点将红花CtWD40家族归为7个亚家族,结合保守基序分析揭示每个亚家族成员特定的保守基序与基因结构,发现进化关系邻近的家族成员在保守基序与基因结构上具有一定的相似性。其次,基因启动子顺式作用元件搜索发现CtWD40特定启动子元件,揭示其可能参与的代谢途径。接下来,使用功能富集分析,分析CtWD40蛋白的功能类别和细胞定位,并通过CtWD40蛋白间相互作用,预测其潜在的调控功能。最后,根据qRT-PCR揭示了红花CtWD40亚家族19个成员在红花不同组织及花期中的差异表达。该研究为红花CtWD40基因功能验证及表达分析提供了理论依据。

【基金】 国家自然科学基金项目(31771868);吉林省科技厅自然科学基金项目(20190201172JC,20190201175JC);吉林省教育厅科学研究规划项目(JJKH20190918KJ)
【所属期刊栏目】 分子生药学 (2020年14期)
  • 【DOI】10.19540/j.cnki.cjcmm.20200506.107
  • 【分类号】Q943.2;S567.219
  • 【下载频次】149
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