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1株西藏牦牛巴氏杆菌全基因组测序与比较基因组学分析

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【作者】 贡嘎罗润波陈建春王一飞索朗斯珠

【Author】 GONG Ga;LUO Run-bo;CHEN Jian-chun;WANG Yi-fei;SUO LANG Si-zhu;College of Animal Science, Agriculture and Animal Husbandry College of Tibet;

【通讯作者】 索朗斯珠;

【机构】 西藏农牧学院动物科学学院

【摘要】 为进一步对西藏牦牛巴氏杆菌病基因组学研究提供理论基础,从西藏林芝某地病死牦牛肺脏中分离鉴定出1株荚膜A型牦牛巴氏杆菌,并通过SMRT法对该菌株进行全基因组序列测定,对测序数据组装后基因组组分及比较基因组学进行分析。结果显示,获得大小为2.3 Mb基因组,GC含量40.30%。同时预测2 096个编码基因数量,编码基因序列总长度2 047 410 bp。预测出总长度为4 739 bp的重复序列,重复序列含量0.21%。预测非编码rRNA数量为19、tRNA数量为59。假基因数量为3,假基因总长度为736 bp。此外,对测序的1株菌株和2株参考菌株(Mannheimia haeemolytica、Pasteurella multocica)进行基因组共线性分析,显示测序菌株与参考菌株之间共线性良好。对测序的1株菌株和2株参考菌株进行家族分类,共得到2 105个基因族,其中,3株菌共有的基因族类(核心基因族)有1 483个,占总基因组的70.45%。进化分析研究显示,测序菌株与参考菌株Mannheimia haeemolytica较远。表明本研究对西藏牦牛巴氏杆菌分离菌株进行全基因测序,同时进行基因组组分及比较基因组学分析,为牦牛巴氏杆菌病的进一步研究提供数据支持。

【基金】 国家肉牛/牦牛产业体系项目(CARS-37);西藏自治区科技厅2015年度基础应用计划项目(20150048);西藏农牧学院奖补资金(2019);西藏农牧学院预防兽医学科建设资助
【所属期刊栏目】 调查研究 (2019年04期)
  • 【分类号】S852.61
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