苹果WRKY转录因子家族基因生物信息学分析

许瑞瑞¹张世忠²曹慧¹束怀瑞²

1. 潍坊学院生物与农业工程学院,山东省高校生物化学与分子生物学重点实验室 2. 山东农业大学园艺科学与工程学院,国家苹果工程技术研究中心

摘要：利用生物信息学方法对苹果MdWRKY转录因子家族成员、基因分类、染色体定位、系统进化关系和结构域序列保守性进行了预测,并分析基因在果实成熟期和砧穗互作中的表达差异。苹果MdWRKY家族包含116个基因,分为GroupⅠ、GroupⅡ和GroupⅢ,其中GroupⅡ又可细分为GroupⅡa、GroupⅡb、GroupⅡc、GroupⅡd和GroupⅡe亚类;苹果的17条染色体均有WRKY转录因子分布,其中第1条染色体上的分布最多,有12个WRKY基因分布。MdWRKY编码的蛋白在118～965个氨基酸范围内,等电点位于4.81～10.16之间。Microarray分析发现,在苹果果实成熟时期和砧木接穗互作过程中,多数MdWRKY基因的表达都有不同程度的变化。

关键词：

苹果; WRKY; 转录因子; 生物信息学;

基金资助：

国家现代苹果产业技术体系项目；山东省自然科学基金项目（Y2008D60）；潍坊学院博士科研基金项目（2012BS15）；