CRISPR/Cas9系统中sgRNA设计与脱靶效应评估

谢胜松张懿张利生李广磊赵长志倪攀赵书红

华中农业大学农业动物遗传育种与繁殖教育部重点实验室中国人民解放军第161医院妇产科

摘要：基于CRISPR/Cas9系统介导的第三代基因组编辑技术,已成功应用于动物、植物和微生物等诸多物种的基因组改造。如何提高CRISPR/Cas9技术的基因组编辑效率和最大限度降低脱靶风险一直是本领域的研究热点,而使用高效且特异的sg RNA（Small guide RNA）是基因组改造成功的关键性因素之一。目前,已有多款针对CRISPR/Cas9技术的sg RNA设计和/或脱靶效应评估软件,但不同的软件各有优缺点。本文重点对16款sg RNA设计和脱靶效应评估在线和单机版软件的特点进行了阐述,通过制定38项评估指标对不同软件进行了比较分析,最后对11种用于检测基因组编辑效率和脱靶的实验方法,以及如何筛选高效且特异的sg RNA进行了归纳总结。

关键词：

CRISPR/Cas9系统; 基因组编辑; sgRNA; 脱靶效应;

基金资助：

中央高校基本科研业务费专项资金资助项目（编号:2662015BQ005）；广东省分子与细胞工程育种团队（编号:2011A020102003）；国家自然科学基金项目（编号:31301226）资助；