川芎转录组SSR分析与EST-SSR标记的开发

袁灿彭芳杨泽茂钟文娟牟方生龚一耘戢沛城蒲德强黄海燕杨晓张超

四川省农业科学院经济作物育种栽培研究所中国农业科学院麻类研究所

摘要：该研究通过组装川芎根转录组数据获得24 422个unigene,随后对得到的unigene进行了SSR检测,共检测到4 073个SSR位点。对检测到的EST-SSR进行特征分析,结果显示单核苷酸重复最多,占41.0%。SSR所在序列功能注释结果显示在Nr中有2 201条序列能够被注释,同时SSR所在序列还被注释到49个GO分类和242个KEGG代谢通路中。利用SSR检测结果进行了EST-SSR标记开发,合成其中235对引物进行验证,74对扩增效果较好。利用74对EST-SSR引物对34个川芎资源进行遗传多样性分析,结果显示收集的川芎资源多样性较好,UPGMA聚类显示川芎资源分为两大类,聚类结果表现出一定的地域性,PCo A分析与UPGMA聚类结果类似。该研究首次对川芎进行EST-SSR分析和标记开发,对推动川芎资源遗传多样性研究、品种纯度检测、基因定位和分子育种等具有重要意义。

关键词：

川芎; EST-SSR; 功能注释; 标记开发; 遗传多样性;

基金资助：

四川省育种攻关项目（2016NYZ0036）；四川省财政创新能力提升工程项目（2016TSCY-001）；